Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Identifikasi 100 spesimen sidat tropis genus Anguilla yang dikoleksidari tujuh lokasi perairan Indonesia yaitu muara Sungai Batang Antokan(Sumatera Barat), muara Sungai Cibaliung (Banten), Sungai Mahakam(Kalimantan Timur), muara Sungai Dumoga (Sulawesi Utara), muara SungaiPalu (Sulawesi Tengah), muara Sungai Akelamo (Halmahera), dan muaraSungai Pami (Irian Barat), telah dilakukan selama 6 bulan dari bulanSeptember 2005--Februari 2006, dengan menggunakan metode PCR-RFLP(polimerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) padagen 16S ribosomal RNA DNA mitokondria. Fragmen DNA hasil amplifikasididigesti menggunakan 6 enzim restriksi yaitu AluI, HhaI, MvaI, Bsp1286I,EcoT14I, dan BbrPI. Identifikasi spesies dilakukan dengan membandingkanpola haplotipe RFLP yang dihasilkan dengan pola haplotipe hasil penelitianAoyama (2000a), Sugeha (2003), Watanabe (2001) dan menggunakan cirikunci genetis yang dilaporkan Watanabe (2001). Hasil identifikasiberdasarkan analisis PCR-RFLP menunjukkan bahwa sedikitnya ada 7spesies sidat yang menghuni perairan Indonesia, yaitu A. bicolor;A. marmorata; A. nebulosa; A. borneensis; A. celebesensis; A. interioris; danA. obscura, dengan 1 pola haplotipe yang spesifik untuk masing-masingspesies kecuali untuk A. bicolor yang memiliki 2 pola haplotipe sebagaipenanda subspesies (Aoyama 2001 & Sugeha 2003) serta 2 pola haplotipeuntuk A. celebesensis sebagai penanda adanya variasi intraspesifik (Aoyama2001 & Sugeha 2003). Selain itu, juga ditemukan 2 pola haplotipe baru yangbelum pernah dilaporkan sebelumnya dan berpeluang sebagai temuanspesies baru atau fenomena variasi intraspesies pada sidat tropis."

"ABSTRAKMicrohyla heymonsi merupakan spesies yang memiliki distribusi sangat luas, mulai dari Taiwan, China, India, Indochina, Semenanjung Malaysia, hingga Sumatra. Spesies dengan distribusi sangat luas seringkali mengandung spesies kriptik akibat pemisahan goegrafis sehingga terjadi isolasi reproduksi, mutasi gen, dan evolusi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara spesies M. heymonsi dari Sumatra dan luar Sumatra, serta nilai jarak genetik antara kedua kelompok spesies tersebut. Nilai jarak genetik yang digunakan sebagai batas pembeda spesies adalah 3. Sekuens DNA didapatkan melalui proses DNA Barcoding dan kemudian dilakukan studi filogenetik melalui analisis Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighbourhood Joining, Maximum Likelihood, dan Bayesian Inference. Hasil menunjukkan bahwa spesies M. heymonsi dari Sumatra membentuk satu clade besar tersendiri pada pohon filogeni dari semua metode analisis dengan didukung nilai bootstrap yang signifikan. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Singapura dan Malaysia masih di bawah 3. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam, dan China telah melebihi angka 3.

---

ABSTRACTAbstract Microhyla heymonsi is a species that has very wide distribution, ranging from Taiwan, China, India, Indochina, Peninsular Malaysia, to Sumatra. Species with a very wide distribution often contain cryptic species due to the geographical barrier resulting in reproductive isolation, gene mutation, and evolution. This study aims to determine the phylogenetic relationship between M. heymonsi species from Sumatra and outside Sumatra, as well as the value of genetic distance between the two groups of species. The genetic distance threshold as a species delimitation is 3. DNA sequences were obtained through the process of DNA barcoding and then phylogenetic studies were performed through analysis of Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighborhood Joining, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference. The results show that the M. heymonsi species from Sumatra form a large single clade on the phylogenetic tree of all analytical methods with significant bootstrap values. The genetic distance value of M. heymonsi Sumatra with M. heymonsi Singapore and Malaysia is still below 3. The genetic distance values between M. heymonsi Sumatra and M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam and China have exceeded 3. "

"Keberadaan salah satu polimorfisme nukleotida tunggal Single Nucleotide Polymorphism atau SNP yang dapat memberikan pengaruh terhadap kejadian hiperbilirubinemia pada neonatus adalah polimorfisme c388A>G pada gen OATP2 SLCO1B1. Polimorfisme tersebut dapat menyebabkan terjadinya disfungsi protein yang dikodekan oleh gen tersebut, yakni Organic Anion Transporter Protein 2 atau Solute Carrier Organic Anion Transporter 1B1 yang merupakan protein selain UGT1A1 untuk mengeliminasi bilirubin dan memiliki peran utama sebagai pembawa bilirubin dan substansi lainnya ke dalam hepatosit. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh profil polimorfisme dari neonatus dengan hiperbilirubinemia risiko tinggi total serum bilirubin ge;13 mg/dL dari tiga rumah sakit di Indonesia, yakni RSCM Jakarta, rumah sakit rujukan nasional, RSUD M. Yunus Bengkulu, dan RSUD Biak Papua, dengan metode PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi TaqI. Profil polimorfisme sampel secara keseluruhan menunjukkan persentase sekuens guanin homozigot G/G sebesar 61,91 yang dapat dilihat sebagai 3 pita, sedangkan persentase sekuens adenin homozigot A/A sebesar 7,14 yang dapat dilihat sebagai 2 pita, dan persentase sekuens adenin guanin secara heterozigot A/G sebesar 30,95 yang dapat dilihat sebagai 4 pita. Hasil profil polimorfisme memiliki kemiripan dengan hasil yang diperoleh dari negara-negara dengan ras Asia Timur. Polimorfisme c388A>G dapat memberikan pengaruh terhadap peningkatan konsentrasi bilirubin dalam darah pada neonatus di Indonesia.

---

The occurrence of one of Single Nucleotide Polymorphisms SNPs which might cause neonatal hyperbilirubinemia is the c388A G of OATP2 SLCO1B1 gene. It causes a dysfunction of the protein encoded by the gene which is Organic Anion Transporter Protein 2 or Solute Carrier Organic Anion Transporter 1B1 besides UGT1A1 for bilirubin elimination, which plays a major role as a transporter of bilirubin and other substances into hepatocytes. This study aims to determine a polymorphism profile from neonates with high risk hyperbilirubinemia with total serum bilirubin of ge 13 mg dL from 3 representative hospitals in Indonesia i.e. Cipto Mangunkusumo Hospital Jakarta, a national referral hospital, M. Yunus Bengkulu General Hospital, and Biak Papua General Hospital, by performing PCR RFLP using TaqI restriction endonuclease. The polymorphism profile shows homozygote guanine G G at 61.91 which can be observed as 3 bands, homozygote adenine A A at 7.14 as 2 bands, and heterozygote adenine guanine A G at 30.95 as 4 bands. Polymorphism profile results have a similarity with the results of neonates of countries with Eastern Asian races. C388A G polymorphism might give an effect towards elevated bilirubin concentration in the blood of neonates in Indonesia."

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Untuk memperoleh koleksi kekayaan hayati Nostoc Indonesia dilakukan isolasi mikroflora tanah dari beberapa lahan persawahan di wilayah di Jawa, Bali, dan Sulawesi Selatan. Isolat-isolat yang tumbuh cepat diidentifikasi secara morfologi dan molekuler mengunakan sekuen parsial dari gen 16S rRNA. Walaupun hubungan kekerabatan antar isolat belum sepenuhnya dapat dijelaskan, pohon filogeni yang dihasilkan dari analisis sekuen mendukung identifikasi secara morfologi bahwa isolat-isolat yang diteliti berbeda jenis. Uji coba 6 strain Nostoc , dalam bentuk inokulum tunggal, sebagai sumber nitrogen untuk padi dilakukan. Sebanyak 2 g biomasa basah dari masing-masing strain Nostoc diinokulasi ke dalam pot-pot yang telah berisi 3 tanaman padi. Percobaan dilakukan di rumah kaca selama 115 hari. Secara statistik (ANOVA;α= 0.05) hanya strain GIA13a yang mempengaruhi panjang akar dan jumlah bulir padi bernas.

---

In order to collect Indonesian Nostoc, isolation of soil microflora from several paddy fields in West Java, Bali, and South Celebes was carried out. Fast-growing isolates of Nostoc were selected to describe and perform molecular identification using partial sequences of 16S rRNA. The results showed that partial sequences of 16S rRNA could not resolve the phylogeny of the isolates. However, it supported the morphological studies that recognize isolates as different species of Nostoc. Potential use of Nostoc as a nitrogen source for paddy growth was carried out using six strains as single inoculums. A total biomass of 2 g (fresh weight) for each strain was inoculated, respectively, into the pot planted with three paddy plants. This experiment was conducted in the green house for 115 days. Statistical analyses (ANOVA;α= 0.05) showed that of six strains tested in this study, only strain GIA13a had influence on the augmentation of root length and the total number of filled grains."

"Perairan danau dan sungai Poso sudah lama diketahui sebagai daerah penangkapan ikan sidat. Ikan sidat termasuk famili Anguillidae merupakan ikan katadromus yaitu ikan yang hidup di perairan tawar (sungai/danau), bermigrasi ke laut untuk melakukan pemijahan dan setelah itu kembali lagi ke perairan tawar untuk melanjutkan siklus hidupnya. Benih ( glass eel/elver) sidat di aliran Sungai Poso sendiri bergerak dari Muara Poso, kemudian bermigrasi anadromus untuk sampai ke perairan tawar melewati beberapa wilayah sungai seperti Sungai Pandiri, Sulewana menuju Rawa Tentena dan kemudian berakhir di Danau Poso. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik perairan yang dilalui fase-fase ikan sidat. Penelitian karakteristik perairan ikan sidat telah dilakukan pada bulan Maret, Mei, Juli dan September 2012 dengan metode survei berstrata. Dari pengamatan diperoleh hasil bahwa karakteristik dari lima stasiun pengamatan hampir sama, dimana karakteristik dasar perairannya berbatu dan berpasir, vegetasi yang tumbuh di sekitar sungai juga sama seperti pohon-pohon besar dan alang-alang. Kondisi kualitas perairan di aliran Sungai Poso yang dilewati oleh fase-fase ikan sidat juga masih mendukung untuk kehidupan sidat."

"ABSTRAKHelicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik

---

ABSTRACTHelicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis"