Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Population Structure of Trichogrammatoidea armigera, Egg Parasitoid of Helicoverpa armigera Based on RAPD-PCR Analysis. Bahagiawati, Damayanti Buchari, Nurindah, H. Rizjaani, Dwinita W. Utami, B. Sahari, and A. Sari. Genetic structures of Trichogrammatoidea armigera (Hymenoptera: Trichogrammatidae), the egg parasitoid of Helicoverpa armigera (Lepidoptera: Noctuidae) were studied. Egg masses of H. armigera were collected from fields of several locations in West Java and East Java with different distances among them and two distinct cultural practices, i.e., monoculture and polyculture. Genetic relationships among T. armigera populations that emerged from the collected H. armigera eggs were analysed by the RAPD-PCR technique using four oligonucleotide primers. The four primers revealed 55 presumptive polymorphic loci that were used to estimate the population structures. The estimated values of Fixation Index (Fst) was 0.16, indicating that there was a division of the populations into subpopulations. This Fst value implied the present of reproductive isolation among the populations that might be due to their low migration rate (1.3 insect per generation). This low migration rate indicated the present of low level of gene flow among the populations. A dendrogram resulted from the NTSYS analysis indicated that the West Java and East Java populations of the egg parasitoid had quite wide genetic distances, while within each of the populations there was a subdivision of minor populations. This finding has an important implication on the program to release Trichogramma spp. as a biological control agent. The release of the parasitoid cannot be done randomly, because if we pick up a minor population, the starter or the released population will mate with the local population and multiply, thus the inundation will fail to control the target pest."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Beberapa penanda genetik pada DNA mitokondria (mtDNA) seperti: sekuens daerah hipervariabel 1 pada D-Loop mtDNA, susunan polimorfisme situs restriksi gen penyandi pada mtDNA, delesi 9-pb pada daerah intergenik COII/tRNAlys, motif Polinesia dapat digunakan untuk mempelajari karakteristik suatu populasi. Sisa tulang-belulang prasejarah dapat memberikan informasi genetik berkenaan dengan sejarah suatu populasi melalui pendekatan molekul.Secara umum penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah manusia dari situs Plawangan (Jawa Tengah) dan Gilimanuk (Bali) yang hidup sekitar 2.000 tahun yang lalu merupakan nenek moyang populasi Jawa dan Bali masa kini. Secara spesifik, 1) apakah teknologi isolasi dan amplifikasi yang dikembangkan cukup efektif dipakai pada materi tulang prasejarah yang telah berumur ribuan tahun, 2) menentukan haplotipe mtDNA berdasarkan variasi sekuens daerah hipervariabel I (HVR-1) pada D-Loop mtDNA dan susunan polimorfisme bagian mtDNA lain dengan RFLP kedua situs arkeologi tersebut, 3) apakah terdapat persamaan haplotipe mtDNA antara manusia prasejarah kedua situs dengan manusia masa kini, dan menganalisa haplotipe yang ditemukan dalam kaitannya dengan kekerabatan serta pola migrasi.Untuk menjawab pertanyaan tersebut dilakukan isolasi DNA dari tulang manusia prasejarah dan amplifikasi DNA dengan PCR yang sebelumnya telah dilakukan verifikasi kedua metoda tersebut dengan menggunakan sampel tulang manusia masa kini. Dilakukan pula analisis sekuensing DNA daerah HVR-I pada D-Loop mtDNA sepanjang 519 pb; metoda PCR untuk analisis RFLP, deteksi delesi 9-pb dan identifikasi jenis kelamin dengan penanda gen amelogenin.Hasil dan Kesimpulan:Dari hasil verifikasi metoda isolasi dan amplifikasi, terbukti baik isolasi dengan metoda silica-based purification maupun isolasi fenol/kloroform dapat diaplikasikan pada materi tulang prasejarah dan DNA hasil isolasi dapat diamplifikasi dengan metoda PCR sepanjang kurang dari 500 pb. Keseluruhan informasi genetik menunjukkan manusia yang berasal dari kedua situs mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dan mempunyai kemiripan dengan manusia yang sekarang ada di Jawa dan Bali. Manusia dari kedua situs merupakan keturunan ras Asia (Mongoloid) dengan ciri Polinesia. Identifikasi jenis kelamin menunjukkan bahwa semua sampel tulang prasejarah adalah perempuan."

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"Untuk mengetahui nilai persentasi delegasi 9-pasangan basa (del 9-pb) dan motif Polinesia pada DNA mitokondria populasi suku bugis , kaili Makassar, dan Minahasa telah dilakukan suatu penelitian deskriptif kuantitatif. Metode yang digunakan adalah amplikasi dengan PCR (Polumerase chain reaction), elektroforensis pada gel agrosa, serta pembacaan urutan basa (dideoxy sequencing). DNA diektrasi dari 230 sampel darah (Bugis 38 Sample, Kaili 106 sampel, Makkasar 42 sample, dan Minahassa 44 sampel). Del 9-pb ditemukan pada keempat populasi yang diamati dengan persentasi dalam urutan yang menurun sebagai berikut: Makkasar 26,19%, Kaili 24,53% Bugis 23,68%, dan Minahassa 13,64%. Pembacaan urutan basa 52 sampel yang memiliki del-9pb pada sample DNA di atas menujukan 5 haplotipe bila hanya diamati posisi 16217, 16247,16261 yaitu haplotipe Cac (36,54%), tac (23,08%), CaT (23,08%), taT (9,61%) dan CGT (7,69%). Motif Polinesia (del 9-pb dengan haplotipe CGT) ditemukan pada populasi suku Kaili (11,54%) dan Minahasa (16,67%).Hasil penelitian mendukung data arkeologi dan antropologi yang menyatakan bahwa nenek moyang sebagian penduduk Indonesia berasa dari dataran Asia Selatan yang bermigrasi dalam gelombang besar."

"DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalampengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik.antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besardibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karenamtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yangbanyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya lajumutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetikindividu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA(D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya lajumutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensingdaerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria(nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referensCambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuktiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengansekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipedengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPsyang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernahdipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-LoopmtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapatdiidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% SumbaTimur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan polapercabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaensdapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompokmenerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramatidimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok darisalah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasiyang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohonf 'filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timurmempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat."

"ABSTRAKAnalisis DNA mitokondria menggunakan enzim restriksi merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk menunjukkan hubungan genetic antarpopulasi. Situs restriksi HaeIII pada pasangan basa (pb) 663 (HaeIII663), AluI pada pb 5176 (AluI5176), Ddel pada pb 10394 (Ddel10394), dan AluI pada pb 10397 (AluI10397) merupakan situs-situs restriksi tersebut, tertama presentase situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, pada populasi Minahasa, Kaili, Bugis, dan Makassar. Metode yang digunakan adalah amplifikasi DNA mitokondria dengan polymerase chain rection (PCR), elektroforesis pada gel agarosa atau gel poliakrilamida, dan digesti fragmen DNA mitokondria dengan enzim restriksi. Hasil pengamatan menunjukkan 6 situs restriksi, yaitu HaeIII663, AluI5176, AluI6022, AluI6891, Ddel10394, dan AluI10397. Berdasarkan terdapat atau tidaknya situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, hasil dikelompokkan menjadi 3 haplotipe, yaitu haplotype Ddel10394AluI10397 (+ +), Ddel10394AluI10397 (+ -), dan Ddel10394AluI10397 (- -). Haplotipe Ddel10394AluI10397 (+ +) merupakan yang paling banyak ditemukan pada masing-masing populasi yang diteliti yaitu pada 48,48% sampel Minahasa, 75% sampel Kaili, 53,85% sampel Bugis, dan 62,07% sampel Makassar. "

"Pengulangan dalam barisan DNA terjadi apabila terdapat sub untaian yang muncul lebih dari satu kali. Dalam pembentukan barisan DNA, terjadinya pengulangan dapat menghalangi pembentukan barisan yang unik. Banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA bergantung pada pola pengulangan pada barisan DNA tersebut. Untuk setiap bentuk pengulangan DNA, banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA dapat dihitung dengan bantuan digraf tereduksi dari digraf DNA. Sedangkan pola pengulangan barisan DNA dikarakterisasikan dengan menggunakan graf pola utama. Untuk barisan DNA dengan n pengulangan, bentuk pengulangan DNA yang dihasilkan dihitung sehingga akan menghasilkan k-cara pembentukan. Pada skripsi ini dibahas kemungkinan pembentukan barisan DNA dengan pengulangan menggunakan k-cara pembentukan, dengan 1 k 8."