Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"ABSTRAKAnalisis DNA mitokondria menggunakan enzim restriksi merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk menunjukkan hubungan genetic antarpopulasi. Situs restriksi HaeIII pada pasangan basa (pb) 663 (HaeIII663), AluI pada pb 5176 (AluI5176), Ddel pada pb 10394 (Ddel10394), dan AluI pada pb 10397 (AluI10397) merupakan situs-situs restriksi tersebut, tertama presentase situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, pada populasi Minahasa, Kaili, Bugis, dan Makassar. Metode yang digunakan adalah amplifikasi DNA mitokondria dengan polymerase chain rection (PCR), elektroforesis pada gel agarosa atau gel poliakrilamida, dan digesti fragmen DNA mitokondria dengan enzim restriksi. Hasil pengamatan menunjukkan 6 situs restriksi, yaitu HaeIII663, AluI5176, AluI6022, AluI6891, Ddel10394, dan AluI10397. Berdasarkan terdapat atau tidaknya situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, hasil dikelompokkan menjadi 3 haplotipe, yaitu haplotype Ddel10394AluI10397 (+ +), Ddel10394AluI10397 (+ -), dan Ddel10394AluI10397 (- -). Haplotipe Ddel10394AluI10397 (+ +) merupakan yang paling banyak ditemukan pada masing-masing populasi yang diteliti yaitu pada 48,48% sampel Minahasa, 75% sampel Kaili, 53,85% sampel Bugis, dan 62,07% sampel Makassar. "

"Delesi 9-pasangan basa (pb) pada daerah intergen COII-tRNALys DNA mitokondria merupakan penanda genetik spesifik untuk populasi Asia. Delesi 9-pb pada populasi Pasifik sering ditemukan bersama tiga transisi basa pada Displacement loop (D-loop) yang disebut motif Polinesia. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekular Eijkman dan bertujuan untuk mengetahui frekuensi delesi 9-pb pada 19 populasi dari Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Melalui kombinasi data delesi 9-pb dan motif Polinesia diharapkan diperoleh informasi tentang migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Metode yang digunakan adalah isolasi DNA genom, pengukuran konsentrasi DNA, amplifikasi DNA dengan polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada gel agarosa 3% (b/v), dan sequencing. Frekuensi delesi 9-pb yang diperoleh pada populasi Nias 28,8%; populasi di Pulau Sumba 11,3--36,8%; dan populasi di Pulau Flores 6,3--25,9%. Motif Polinesia tidak terdapat pada populasi Nias, tetapi terdapat pada populasi di Pulau Sumba dan Flores. Varian leluhur motif Polinesia (varian Cac dan CaT) terdapat pada populasi di Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Delesi 9-pb pada populasi Indonesia terdistribusi secara acak, sehingga tidak dapat digunakan dalam menjelaskan migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Perlu dilakukan penelitian dengan penanda genetik lain, seperti analisis filogenetik menggunakan sekuens D-loop untuk memperoleh informasi mengenai proses migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia."

"Untuk mengetahui nilai persentasi delegasi 9-pasangan basa (del 9-pb) dan motif Polinesia pada DNA mitokondria populasi suku bugis , kaili Makassar, dan Minahasa telah dilakukan suatu penelitian deskriptif kuantitatif. Metode yang digunakan adalah amplikasi dengan PCR (Polumerase chain reaction), elektroforensis pada gel agrosa, serta pembacaan urutan basa (dideoxy sequencing). DNA diektrasi dari 230 sampel darah (Bugis 38 Sample, Kaili 106 sampel, Makkasar 42 sample, dan Minahassa 44 sampel). Del 9-pb ditemukan pada keempat populasi yang diamati dengan persentasi dalam urutan yang menurun sebagai berikut: Makkasar 26,19%, Kaili 24,53% Bugis 23,68%, dan Minahassa 13,64%. Pembacaan urutan basa 52 sampel yang memiliki del-9pb pada sample DNA di atas menujukan 5 haplotipe bila hanya diamati posisi 16217, 16247,16261 yaitu haplotipe Cac (36,54%), tac (23,08%), CaT (23,08%), taT (9,61%) dan CGT (7,69%). Motif Polinesia (del 9-pb dengan haplotipe CGT) ditemukan pada populasi suku Kaili (11,54%) dan Minahasa (16,67%).Hasil penelitian mendukung data arkeologi dan antropologi yang menyatakan bahwa nenek moyang sebagian penduduk Indonesia berasa dari dataran Asia Selatan yang bermigrasi dalam gelombang besar."

"Salah satu variasi DNA mitokondria manusia adáiidelesi 9 pasangan basa (pb) pada salah satu dari dua salman perulangan 9-pb daerah intergenik sitokrom oksidase subunit 2 dan tRNA lisin. Delesi 9-pb ml banyak dipakai sebagai penanda genetik untuk mempelajani hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian ml bertujuan untuk mengetahui nhlai persentase delesi 9-pb pada populasi suku Dayak, Tengger dan Bali. Selain itu juga ingin diketahui basa-basa yang membentuk insersi di daerah sekitar delesi 9-pb pada beberapa sampel dari ketiga suku tersebut ditambah sampel dan suku Jawa, Batak, Toraja dan Kaili. Metode yang digunakan untuk deteksi delesi 9-pb adalah metode polymerase chain reaction dan elektroforesis pada gel agarosa 5%. Untuk pengamatan insersi dilakukan pembacaan urutan basa (sequencing) berdasarkan metode dideoksi dan elektroforesis pada gel poliakrilamida 6%. Persentase delesi 9-pb ketiga suku tersebut adalah suku Dayak 35,35% dari 99 sampel, suku Tenggen 29,03% dari 93 sampel dan suku Bali 24,69% dari 81 sampel. Bentuk insersi yang ditemukan pada 13 sampel dari suku Tengger, Jawa, Kaili, Batak dan Toraja yang diteliti mempenlihatkan adanya penambahan 2 basa sitosin, 3 basa sitosin, 4 basa sitosin dan 5 basa sitosin pada salah satu dari dua salman perulangan 9 pasangan basa."

"DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalampengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik.antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besardibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karenamtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yangbanyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya lajumutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetikindividu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA(D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya lajumutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensingdaerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria(nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referensCambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuktiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengansekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipedengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPsyang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernahdipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-LoopmtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapatdiidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% SumbaTimur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan polapercabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaensdapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompokmenerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramatidimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok darisalah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasiyang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohonf 'filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timurmempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Beberapa penanda genetik pada DNA mitokondria (mtDNA) seperti: sekuens daerah hipervariabel 1 pada D-Loop mtDNA, susunan polimorfisme situs restriksi gen penyandi pada mtDNA, delesi 9-pb pada daerah intergenik COII/tRNAlys, motif Polinesia dapat digunakan untuk mempelajari karakteristik suatu populasi. Sisa tulang-belulang prasejarah dapat memberikan informasi genetik berkenaan dengan sejarah suatu populasi melalui pendekatan molekul.Secara umum penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah manusia dari situs Plawangan (Jawa Tengah) dan Gilimanuk (Bali) yang hidup sekitar 2.000 tahun yang lalu merupakan nenek moyang populasi Jawa dan Bali masa kini. Secara spesifik, 1) apakah teknologi isolasi dan amplifikasi yang dikembangkan cukup efektif dipakai pada materi tulang prasejarah yang telah berumur ribuan tahun, 2) menentukan haplotipe mtDNA berdasarkan variasi sekuens daerah hipervariabel I (HVR-1) pada D-Loop mtDNA dan susunan polimorfisme bagian mtDNA lain dengan RFLP kedua situs arkeologi tersebut, 3) apakah terdapat persamaan haplotipe mtDNA antara manusia prasejarah kedua situs dengan manusia masa kini, dan menganalisa haplotipe yang ditemukan dalam kaitannya dengan kekerabatan serta pola migrasi.Untuk menjawab pertanyaan tersebut dilakukan isolasi DNA dari tulang manusia prasejarah dan amplifikasi DNA dengan PCR yang sebelumnya telah dilakukan verifikasi kedua metoda tersebut dengan menggunakan sampel tulang manusia masa kini. Dilakukan pula analisis sekuensing DNA daerah HVR-I pada D-Loop mtDNA sepanjang 519 pb; metoda PCR untuk analisis RFLP, deteksi delesi 9-pb dan identifikasi jenis kelamin dengan penanda gen amelogenin.Hasil dan Kesimpulan:Dari hasil verifikasi metoda isolasi dan amplifikasi, terbukti baik isolasi dengan metoda silica-based purification maupun isolasi fenol/kloroform dapat diaplikasikan pada materi tulang prasejarah dan DNA hasil isolasi dapat diamplifikasi dengan metoda PCR sepanjang kurang dari 500 pb. Keseluruhan informasi genetik menunjukkan manusia yang berasal dari kedua situs mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dan mempunyai kemiripan dengan manusia yang sekarang ada di Jawa dan Bali. Manusia dari kedua situs merupakan keturunan ras Asia (Mongoloid) dengan ciri Polinesia. Identifikasi jenis kelamin menunjukkan bahwa semua sampel tulang prasejarah adalah perempuan."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Mekanisme kerja primakuin, sampai saat ini masih belum sepenuhnya diketahui. Dugaan bahwa primakuin bekerja pada parasit malaria melalui penghambatan sistem rantai . pernafasan parasit, didasarkan pada bukti bahwa obat ini dimetabolisme menjadi bentuk intermediat, 5,6-quinolin diquinone yang mempunyai struktur yang mirip dengan ubikuinon (koenzim Q), salah satu komponen penting sistem respirasi mitokondria. Diperkirakan bahwa efek antimalaria obat ini dimediasi oleh kompetisi perikatannya dengan koenzim Q pada apositokrom b. Beberapa inhibitor kompleks III rantai pernafasan di mitokondria mempunyai struktur kimiawi yang mirip dengan koenzim Q dan resistensi terhadap inhibitor-inhibitor tersebut didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mekanisme kerja obat antimalaria primakuin pada parasit malaria melalui pendekatan biomolekuler dengan hipotesis bahwa resistensi parasit malaria terhadap primakuin didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b. Untuk itu dilakukan upaya untuk mendapatkan galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan cara memberikan primakuin dengan dosis subletal secara bertahap pada P berghei yang sensitif terhadap primakuin. Terjadinya resistensi terhadap primakuin dideteksi dengan tes sensitivitas in vivo dan dilanjutkan dengan kloning untuk mendapatkan galur murni. Dari galur tersebut dilakukan isolasi DNA, amplifikasi gen sitokrom b dengan metode PCR dan sekuensing DNA untuk mengetahui adanya mutasi pada situs perikatan kuinon (Qo dan Qi).Hasil dan Pembahasan:Dari penelitian ini telah berhasil diperoleh dua galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan derajat resistensi sekitar 20 kali dibandingkan dengan galur parental. Analisis gen sitokrom b menunjukkan tidak ditemukannya mutasi baik pada tempat perikatan kuinon (Qi dan Qo) maupun pada bagian lainnya. Diperkirakan, dengan derajat resistensi yang diperoleh mungkin belum mampu menyeleksi alel resisten pada gen target. Kemungkinan yang lain adalah resistensi terhadap primakuin tidak didasari adanya mutasi pada gen sitokrom b, tetapi lebih pada struktur kimianya sebagai aminokuinolin, sehingga analisis terhadap gen yang berkaitan dengan resistensi terhadap golongan obat tersebut, misalnya pbmdr I dan pbcrl mungkin diperlukan."