Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"The book will introduce the different technological advances that led to this breakthrough. In addition, several examples will be provided of nucleotide variants in noncoding sequences that have been shown to be associated with various human diseases."

"Diagnostic, prognostic and therapeutic value of gene signatures provides readers a useful and comprehensive resource about the range of applications of microarray technology in oncological diseases. Topics covered include gene signatures and soft tissue sarcomas, prognostic relevance of breast cancer signatures, gene expression profiling of colorectal cancer and liver metastasis, gene signatures in GISTs, CNVs and gene expression profiles in pancreatic cancer, and gene signatures in head/neck, lung and gastric tumors."

"This book defines gene therapy, and places lentivectors within this fascinating therapeutic strategy. Then follows a comprehensive description of the development of retroviral and lentiviral vectors and how to specifically target distinct cell types and tissues. The authors also discuss the application of lentivector gene therapy for the treatment of cancer and autoimmune diseases, ending with the application of lentivectors in human gene therapy clinical trials."

"Analisis triclustering adalah metode data mining yang memiliki tujuan untuk mengelompokkan data tiga dimensi. Metode ini kerap kali digunakan untuk bidang bioinformatika. Pada penelitian ini digunakan metode analisis triclustering delta trimax. Delta Trimax pada intinya adalah metode analisis triclustering yang bertujuan untuk menemukan tricluster yang memiliki nilai MSR yang lebih kecil dari nilai threshold (o) yang telah ditentukan. Penggunaan silhouette coefficient pada penelitian ini adalah untuk membantu menentukan nilai threshold (o) tersebut. Hasil triclustering delta trimax nantinya dievaluasi dengan menggunakan Triclustering Quality Index (TQI). Genetic algorithm (GA) adalah sebuah algoritma pencarian yang efisien yang didasari oleh evolusi biologis dan genetika alam. Algoritma GA digunakan untuk menemukan solusi terbaik. Terdapat tiga operator genetika yang digunakan di dalam GA, yaitu seleksi, crossover, dan mutasi. Pada penelitian ini, digunakan data ekspresi gen tiga dimensi dari sel kanker paru-paru fase stabil (A549) yang diberi perlakuan obat kemoterapi Motexafin Gadolinium (MGd) dan mannitol sebagai grup kontrol, dimana ekspresi gen diamati dalam 6 kondisi dan 3 titik waktu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui apa kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian obat kemoterapi MGd dan kondisi apa yang mempengaruhinya. Pada penelitian ini, himpunan tricluster yang memiliki kualitas terbaik berdasarkan Triclustering Quality Index (TQI) adalah himpunan tricluster yang dihasilkan dengan nilai o = 0,004. Berdasarkan himpunan tricluster tersebut, didapatkan informasi penting mengenai kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian MGd tapi efek obat MGd tidak bertahan di setiap titik waktu. Terdapat juga gen yang menunjukkan respon baik pemberian obat kemoterapi MGd, tetapi efektivitasnya tidak terlalu maksimal karena responnya beririsan dengan subjek yang hanya diberikan mannitol. Setelah itu, dilihat bagaimana hubungan gen yang berasal dari keseluruhan dataset dengan penyakit melalui gene ontology sebagai informasi tambahan untuk perkembangan obat MGd. Nilai fold enrichment tertinggi pada GO biological process adalah Cytoplasmic Translation, pada GO Cellular Component adalah cytosolic ribosome, dan pada GO Molecular Function adalah structural constituent of ribosome.

---

Triclustering analysis is a data mining method aimed at grouping three-dimensional data. This method is often used in the field of bioinformatics. In this study, the delta trimax triclustering analysis method is used. Delta Trimax essentially aims to find triclusters with Mean Squared Residue (MSR) values smaller than a predetermined threshold (o). The silhouette coefficient is used in this study to help determine the threshold (o). The results of the delta trimax triclustering are then evaluated using the Triclustering Quality Index (TQI). The genetic algorithm (GA) is an efficient search algorithm based on biological evolution and natural genetics. GA is used to find the best solution. There are three genetic operators used in GA: selection, crossover, and mutation. In this study, three-dimensional gene expression data from stable phase lung cancer cells (A549) treated with the chemotherapy drug Motexafin Gadolinium (MGd) and mannitol as a control group were used, where gene expression was observed under 6 conditions and 3 time points. The aim of this study is to identify which sets of genes respond well to MGd chemotherapy and which conditions influence these responses. The set of triclusters with the highest quality based on the Triclustering Quality Index (TQI) was obtained with o=0.004. From this set of triclusters, important information was obtained about the sets of genes that respond well to MGd, but the effect of MGd does not persist at every time point. There are also genes that show a good response to MGd chemotherapy, but its effectiveness is not maximized because the response overlaps with subjects that were only given mannitol. Subsequently, the relationship between genes from the entire dataset and the disease is observed through gene ontology as additional information for the development of MGd drugs. The highest fold enrichment value in the GO biological process is Cytoplasmic Translation, in the GO Cellular Component is cytosolic ribosome, and in the GO Molecular Function is structural constituent of ribosome."

"Stroke merupakan penyakit yang menyebabkan kematian nomor dua dan kontributor penyebab disabilitas tertinggi di dunia dengan jenis stroke iskemik menjadi penyebab umum stroke. Saat ini, terapi standar stroke yang disetujui oleh Food and Drug Administration (FDA) hanya recombinant tissue plasminogen activator (rtPA). Penelitian mengenai efektivitas terapi rtPA menunjukkan rtPA memiliki tingkat keberhasilan untuk sembuh sepenuhnya hanya sebesar 35%. Oleh karena itu, terapi restoratif dikembangkan untuk penanganan stroke salah satunya terapi berbasis sel menggunakan sekretom dari mesenchymal stem cells (MSC). Dalam patofisiologis stroke, berbagai cascade reaksi molekuler internal sel memiliki peran yang kompleks. Contoh faktor yang terlibat dalam cascade molekuler tersebut adalah Protein kinase B (AKT) sebagai faktor penunjang survivability sel, dan Nuclear factor-kappa B (NF-kB) sebagai faktor pengaktif jalur inflamasi. Dalam penelitian ini, profil ekspresi gen tersebut diteliti dari sel punca MSC yang berasal dari Macaca fascicularis dengan diberikan perlakuan prakondisi hipoksia oksigen 3% selama 48 jam. Tingkat ekspresi mRNA gen tersebut diinvestigasi dengan metode RT-qPCR. Hasil uji ekspresi gen menunjukan peningkatan mRNA gen protein AKT1 dan penurunan mRNA gen protein NF-kB pada MSC prakondisi hipoksia. Hal tersebut menunjukkan potensi sekretom prakondisi sebagai terapi restoratif yang ditunjukkan dari perubahan profil ekspresi gen yang mengarah pada survivability cell.

---

Stroke is the second leading cause of death and the highest contributor to disability worldwide, with ischemic stroke being the most common type. Currently, the only FDA-approved standard therapy for stroke is recombinant tissue plasminogen activator (rtPA). Research on the effectiveness of rtPA therapy indicates that it has a full recovery success rate of only 35%. Consequently, restorative therapies, including cell-based therapies using secretomes from mesenchymal stem cells (MSCs), are being developed for stroke treatment. In the pathophysiology of stroke, various internal cellular molecular cascades play a complex role. Examples of factors involved in these molecular cascades include Protein kinase B (AKT), which supports cell survivability, and Nuclear factor-kappa B (NF-kB), which activates inflammatory pathways. In this study, the gene expression profiles of these factors were investigated in MSCs derived from Macaca fascicularis, subjected to hypoxic preconditioning with 3% oxygen for 48 hours. The mRNA expression levels of these genes were analyzed using the RT-qPCR method. The results showed an increase in AKT1 protein mRNA expression and a decrease in NF-kB protein mRNA expression in hypoxia-preconditioned MSCs. These findings indicate the potential of hypoxia-preconditioned secretomes as restorative therapy, as evidenced by changes in gene expression profiles that promote cell survivability."

"Latar Belakang: Kanker payudara merupakan jenis kanker invasif yang paling banyak menyerang wanita. Kejadian dan kematian akibat kanker ini tinggi, baik secara global maupun di Indonesia. Subtipe molekuler kanker payudara, terutama kanker payudara triple-negative (TNBC), berperan penting dalam menentukan pilihan pengobatan. Namun, TNBC belum memiliki terapi target khusus dan berpotensi resisten terhadap pengobatan standar. Senyawa alami semakin banyak diteliti sebagai alternatif pengobatan kanker. Asam galat (GA), menunjukkan potensi sebagai antikanker, terutama untuk kanker payudara. Daun Mangifera foetida kaya akan GA dan berpotensi menjadi sumber pengobatan. Metode: Penelitian in-vitro ini menggunakan sel TNBC MDA-MB-231 yang diberi GA murni dan ekstrak daun M. foetida. Setelah nilai IC50 didapatkan, sekuensing RNA dilakukan untuk analisis bioinformatika. Hasil: DEG signifikan setelah pemberian kedua jenis perlakuan. Gen yang mengalami peningkatan ekspresi pada kedua perlakuan sebagian besar terkait dengan respons terhadap stres sel. Gen-gen yang ekspresinya meningkat meliputi MRI1, AKR1B15, NQO1, GSTA3, SRXN1, sedangkan gen-gen yang ekspresinya menurun meliputi ISG15 dan SERPINE1. Analisis jalur menunjukkan adanya pengayaan pada jalur yang berkaitan dengan daur ulang metionin, biosintesis estrogen, respons imun, stres oksidatif, dan kematian sel. Kesimpulan: Baik GA maupun ekstrak M. foetida memengaruhi ekspresi gen pada sel TNBC. Ekstrak M. foetida menunjukkan pengaruh yang lebih besar terhadap beberapa gen yang berkaitan dengan respons stres oksidatif seluler, kemungkinan karena adanya interaksi sinergis dengan metabolit lain dalam ekstrak tersebut

---

Introduction: Breast cancer is the most prevalent invasive cancer in women, with high incidence and mortality rates globally and in Indonesia. Molecular subtyping, particularly triple-negative breast cancer (TNBC), guides treatment, but TNBC lacks targeted therapies. Chemotherapy with agents like anthracyclines is standard, but with severe side effects and potential resistance. Natural compounds are increasingly explored as alternative anticancer agents. Gallic acid (GA), a phenolic compound, shows promising anticancer activity, especially against breast cancer. Mangifera foetida leaves are a rich source of GA, potentially offering a cost-effective treatment option. Method: This in-vitro study used TNBC MDA-MB-231 cells treated with pure GA and M. foetida leaf extract. IC50 values were determined, and cells were treated at these concentrations. RNA sequencing was performed, followed by bioinformatic analysis of differentially expressed genes (DEGs) and pathway enrichment analysis. Results: Significant DEGs were identified after both treatments. Upregulated genes in both treatments were mainly related to stress response. Upregulated DEGs included MRI1, AKR1B15, NQO1, GSTA3, SRXN1, while downregulated genes included ISG15 and SERPINE1. Pathway analysis revealed enrichment in pathways related to methionine salvage, estrogen biosynthesis, immune response, oxidative stress, and cell death. Conclusion: Both GA and M. foetida extract affected gene expression in TNBC cells, with the extract showing greater effects on several genes linked to stress response, potentially indicating synergistic interactions with other metabolites"

"Gen DefH9-iaaM merupakan gen pengkode senyawa prekursorpembentukan auksin. Kandungan auksin yang tinggi menginduksipembentukan buah partenokarpi, tanpa melalui polinasi dan fertilisasi. Tigagalur tanaman tomat transgenik yang membawa insersi danmengekspresikan gen DefH9-iaaM, yaitu OvR1#14-4, OvM2#10-1, danOvM2#6-2, telah dihasilkan melalui transformasi genetik denganAgrobacterium oleh kelompok peneliti di BB-BIOGEN. Penelitian bertujuanmenguji stabilitas insersi dan mengetahui ekspresi gen DefH9-iaaM padatanaman T3 dari ketiga galur tersebut. Uji stabilitas gen dilakukan denganmetode PCR menggunakan primer spesifik IAAM 5 dan IAAM 3. Keduaprimer tersebut menghasilkan fragmen gen iaaM sebesar ± 148 pb. FragmenDNA produk PCR divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis. Hasil ujimolekuler dianalisis menggunakan uji chi-square dengan level of significant0,05. Galur OvR1#14-4 memiliki insersi gen yang telah stabil denganperbandingan filial transgenik dan non transgenik yang memenuhiperbandingan penyilangan monohibrid Mendel yaitu 3:1. Tanaman denganhasil uji molekuler positif kemudian ditanam di lapang untuk uji ekspresifenotipik dan evaluasi daya hasil. Hasil uji fenotipik dianalisis dengan ujiANOVA level of significant 0,05. Ekspresi gen partenokarpi DefH9-iaaM padatanaman tomat transgenik meningkatkan jumlah tandan sebesar 191--227%,jumlah bunga sebesar 191--310%, dan jumlah buah sebesar 331--426% dibandingkan dengan kontrol Opal, serta menyebabkan terbentuknya buah tomat berbiji sedikit dan tanpa biji. Galur OvR1#14-4 menghasilkan jumlah tandan, jumlah bunga, dan jumlah buah paling tinggi dibandingkan dua galur lain."