Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"One way to model fractal object is by IFS (Iterated Function Systems) model based on affine trans-formation functions. Rotational effect of star-like object in IFS fractal model can be exhibited by means of metamorphical animation method instead of by the affine rotational operation of non meta-morphical animation method. The metamorphical version has an advantage over the non metamor-phical version in the independency of object?s relative position to the fixed point as an absolute cen-troid. Therefore, the rotational effect can be exhibited at any positions. In addition, it can be combined with rotational effect of the local centroid itself around the absolute centroid as a fixed point by the primitive rotational operation to form an interesting behaviour of orbital trajectory. So based on the hybrid of both animation methods, the animation simulation of orbital trajectory on a twin stars rota-ting to each other as a system can be done. Both objects are rotated in the same angular direction, but started in the opposite position around two closely different fixed points. So, the orbital trajectory yielded forms an elliptical path. The two similar objects can be created efficiently by cloning-scaling technique. In general, the animation method can be modeled as an animation framework.

---

Salah satu cara memodelkan objek fraktal adalah dengan model IFS (Iterated Function Systems) berdasarkan transformasi affine. Efek rotasi objek yang menyerupai bintang dari fraktal IFS dapat dijalankan melalui metoda animasi metamorfik sebagai pengganti operasi rotasi affine pada metoda animasi non metamorfik. Kelebihan metoda animasi yang metamorfik dibandingkan metoda animasi yang non metamorfik adalah dalam hal ketidakbergantungan posisi objek terhadap titik tetap sebagai titik pusat (centroid) absolut, sehingga efek rotasi dapat terjadi di manapun objek berada dan selain itu memungkinkan dikombinasikan dengan efek rotasi di seputar centroid lokal dengan efek rotasi operasi rotasi affine objek tersebut terhadap centroid absolut, sehingga menghasilkan hasil animasi berbentuk jejak orbit objek yang menarik untuk diobservasi. Jadi berdasarkan hibrida kedua metoda animasi, maka memungkinkan simulasi animasi yang menghasilkan jejak orbit sistem bintang ganda dapat dilakukan. Kedua objek bintang berotasi dengan arah rotasi yang sama tetapi berada pada posisi berlawanan seputar dua titik tetap berbeda, maka jejak orbit kedua objek tersebut berbentuk lonjong. Kedua objek dapat dikonstruksi secara efisien dengan teknik cloning-scaling. Secara umum hibrida metoda animasi dapat dimodelkan sebagai framework animasi."

"Kami melakukan perhitungan konduktivitas optis pada layered (perovskite) Pr0.5Ca1.5MnO4 untuk mengidentifikasi fenomena charge-ordering. Pemodelan melibatkan orbital Mn dan O yang berada pada bidang MnO2 dari layered Pr0.5Ca1.5MnO4. Interaksi yang diperhitungkan dalam pemodelan yaitu interaksi Coulomb inter-orbital dan intra-orbital, distorsi Jahn-Teller dan exchange interaction dengan menerapkan beberapa asumsi. Perhitungan dilakukan menggunakan Dynamical Mean Field Theory untuk mencapai self-consistency. Hasil perhitungan menunjukkan profile yang mendekati hasil eksperimen dengan puncak charge-ordering berada di bawah 1 eV dan puncak charge-transfer pada 3-3.7 eV. Di bawah temperatur TCO/OO (~325 K), puncak charge-ordering mengalami blue shift seiring dengan penurunan temperatur.

---

We calculate the optical conductivity of layered (perovskite) Pr0.5Ca1.5MnO4 to capture charge-ordering phenomena. The calculations are based on a model which considers Mn and O orbitals within the MnO2 plane of layered Pr0.5Ca1.5MnO4. Interaction terms included in the model with some assumptions are the inter-orbital and intra-orbital Coulomb repulsions, the static Jahn-Teller distortion and the exchange interaction. We calculate within Dynamical Mean Field Theory to achieve self-consistency. The result shows a profile similar to recent experimental data, where the charge-ordering peak appears below 1 eV and charge-transfer peak at 3-3.7 eV. For temperature lower than TCO/OO (~325 K), the charge-ordering peak undergoes a blue shift as the temperature is decreased."

"ABSTRAKLeukemia merupakan salah satu jenis kanker dengan jumlah kematian yang cukup tinggi. Salah satu jenis dari leukemia adalah chronic myeloid leukemia CML . Penyakit ini dapat dideteksi dengan kehadiran gen BCR-ABL. Protein ini yang menyebabkan fosforilasi beberapa molekul sehingga dapat mengakibatkan CML. Oleh sebab itu, protein ini dapat dijadikan sebagai target penting dalam penemuan obat utuk leukemia, khususnya jenis CML. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silicoini adalah metode penapisan virtual berbasis farmakofor pharmacophore-basedvirtual screening dan Protein-Ligan Interaction Fingerprint PLIF . Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa in vitroyang diunduh dari pangkalan data ZINC15. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul molecular docking terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, senyawa inhibitor terbaik akan dilakukan uji farmakologi dan uji efek kesehatan untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat. Hasil dari penelitian ini didapatkan 3 ligan senyawa in vitro yang dapat dijadikan kandidat obat terbaik untuk menginhibisi gen BCR-ABL pada protein ABL1 Kinase.

---

ABSTRACTLeukemia is one type of cancer with high number of deaths. Chronic myeloid leukemia CML is one type of leukemia. BCR ABL is a gene that can be a biomarker for this disease. This protein causes the phosphorylation of some molecules that cause CML. Therefore, this protein can be an important target in the discovery of drugs for leukemia, especially CML. Pharmacophore based virtual screening and Protein Ligand Interaction Fingerprint PLIF is the method that we used in this research. We downloaded the inhibitor from ZINC15 database and then we do a molecular docking simulation to know the protein ligand interaction. In the last step, we do a pharmacological properties test and health effects get to be used as drug candidates. The results of this study obtained 3 ligand of in vitrocompounds that can be used as the best drug candidate to inhibit the BCR ABL gene in the ABL1 Kinase protein."

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Penelitian ini dilakukan untuk mencari beberapa senyawa kimia dari ekstrak kulit pohon Garcinia tetrandra serta uji aktivitas biologi terhadap Artemia salina L. dan aktivitas antibakteri. Senyawa tersebut diisolasi dengan cara ektraksi dalam n-heksan selanjutnya ekstraksi dengan aseton . Masing-masing ekstrak dipisahkan dengan cara kromatografi kolom dengan fasa diam silika gel dan fasa geraknya adalah n-heksan , etil asetat, metanol secara gradien. Senyawa kimia yang telah murni ditentukan struktur molekulnya dengan cara spektrofotometri UV-Vis, spektrofotometri Infra Merah, Spektrometri Massa, Spektrometri Resonansi Magnet inti 3H dan 13 C. Dari hasil penelitian ini diperoleh senyawa GT-1 yang mempunyai rumus molekul C23HxoO6 , diperkirakan sama dengan Thwaitesixanton, senyawa GT-2 dengan rumus molekul C30H500 yang diperkirakan senyawa 3-a- (22) (29) Hopen-ol; Senyawa GT-3 dengan rumus molekul C38H50O6 yang diperkirakan sama dengan Camboginol; Senyawa GT-4 dengan rumus molekul C38H5006 yang diperkirakan sama dengan cambogin. Dari senyawa - senyawa tersebut yang memiliki aktivitas antimikroba adalah senyawa GT-3 dengan diameter harnbatan rata-rata = 8 mm/1000 ppm.terhadap bakteri B. subtilis ATCC 6633, E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 6538, M. phlei DSM 43286. Dari hasil uji aktivitas terhadap larva-udang Artemia salina Leach., senyawa yang memiliki aktivitas yang cukup signifikan adalah senyawa GT-3 dan GT-4 dengan LC50 masing-masing 7µg/ ml dan 18µg/ ml.

---

Isolation, Structure Elucidation, Biological Activity Test of Chemical Constituents of Stem Bark of Garcinia Tetrandra PierreThis study was caned out to obtain several chemical constituents of the extract of the stem bark of Garcinia tetrandra Pierre, their biologic are activity to Artemia salina Leach and their antibacterial activity. The compounds were isolated from the n-hexane and acetone - soluble extracts. Each extract was separated through a column chromatography on silica gel G , as the stationary phase which gradient mixtures, of n-hexane, ethyl-acetate and methanol as the mobile phase. The purified chemical constituents were identified their structures based on their UV -- Visible , Infra Red Spectrophotometry , Mass Spectrometry, 1H and '3C - Nuclear Magnetic Resonance Spectrometry data. The first isolate of GT-I with its molecular formula of C23HxoO6 was identified as Thawaitesixantone; GT-2 with and its molecular ion formula of C30H50O was identified as 3-a-(22)(29) Hopen-ol; GT-3 with its molecular formula of C38H50O6 was identified as camboginol; GT- 4 with its molecular formula of C38H5006 was identified as cambogin. From of all of the isolated compounds GT-3, showed antibacterial activity. In a concentration of 1000 ppm, its inhibition against the growth off B. subtilis ATCC 6633, E. code ATCC 25922, S. aureus ATCC 6538, M phlei DSM 43286 were 8 mm. From the results of toxicity evaluation to the Artemia salina Leach , GT-3 and GT-4 with its LC50 7µg/ ml and 18 µg/ ml, respectively."

"Dysoxylum cf- caulostachyum Miq., merupakan suatu tanaman tinggi yang tumbuh tersebar di Indonesia. Beberapa dari spesies dari genus Dysoxylum telah diteliti kandungan kimianya, diantaranya ada yang mengandung senyawa yang bersifat racun ikan dan merupakan anti bakteri.Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menentukan struktur molekul serta menguji aktivitas biologi dari fraksi netral kulit akar Cempagan. Uji aktivitas biologis dilakukan terhadap ikan guppy (Lebistes reticulatus).Kulit akar tumbuhan Cempagan sebanyak 2300 g diekstraksi dengan pelarut metanol sebanyak 25 L. Setelah pelarut diuapkan didapat ekstrak sebanyak 62 g. Ekstrak kental tersebut dilarutkan dalam 300 mL etil asetat, dicuci dengan NaHC03 5% sebanyak 900 mL, selanjutnya dicuci dengan NaOH 5% sebanyak 900 mL. Komponen-komponen yang terdapat dalam fraksi netral dipisahkan dengan menggunakan kromatografi kolom, sebagai fasa diam silika gel dan fasa geraknya digunakan campuran eluen petroleum eter: etil asetat.Isolasi komponen kimia dilakukan dengan memakai alat HPLC atau kromatografi cair kinerja tinggi.Penentuan struktur molekul senyawa yang telah murni, ditentukan dengan menggunakan spektrofotometer UV, spektrofotometer IR, spektrometer resonansi magnetik inti (proton dan karbon-13), spektrometer massa, dan titik lelehnya ditentukan dengan melting block.Senyawa yang berhasil diisolasi dan diidentifikasi adalah senyawa fenol benzoat. Senyawa tersebut bersifat aktif biologi, ditandai dengan tercapainya LC50 55 ppm, yang dapat mematikan populasi ikan guppy.Sintesis senyawa tersebut, dibuat dengan menggunakan asam benzoat, fenol ddan EDC atau 1-(3-dimetil-amino propil)-3-etil karbodiimida hidroklorzda, serta N-metil morfolin sebagai katalis.

---

Cempagan (Dysoxylum, cf. caulostachyum Miq.) is a higher plant and planted in Indonesia. The chemical constituents of some species of the genus of Dysoxylum had been examined. It is believed that they are active as fish poison and antibacterial agent. The purpose of this investigation was to isolate, to establish the molecular structure and to examine the biological activity of the neutral fraction of Cempagan root barks. Biological activity test was conducted to guppy fish (Lebistes reticulatus).

The root barks of Cempagan (2300 g) was a extracted with 25 L methanol. After removal the solvent, 62 g of the crude extract was obtained. The crude extract then was solved into ethyl acetate (300 mL). Furthermore, it was washed by 5% NaHCO3 (3x300 mL) and 5% NaOH (3x300 mL) successively. The compounds of the neutral fraction were separated by column chromatography, using petroleum ether-ethyl acetate as mobile phase and silica gel was used as stationary phase. The individual compounds isolated by using HPLC (High Performance Liquid Chromatography).

The structure of the compound was established using UV, IR, NMR spectrometers and melting point was measured by melting point block.

In this investigation, an isolated compound is established as phenyl benzoic. The compound showed LC50 at 55 ppm on guppy fish.

The compound was synthesized by using benzoic acid phenol and EDC or 1-(3-dimethyl amino prophyl-3-ethyl hydrochloride carbodiimide, and morfolin N-methyl was used as a catalyst."

"Telah dilakukan ekstraksi dan isolasi senyawa kimia serta uji antibakteri terhadap kulit batang tumbuhan Combretum punctatum yang merupakan salah satu tumbuhan terdapat di Indonesia. Metoda yang digunakan dalam pengerjaan isolasi adalah cara ekstraksi fraksinasi dengan pelarut campuran kloroform-metanol (1:1), kemudian dilanjutkan dengan pelarut n-heksana dan kloroform pada temperatur ruang. Untuk pemisahan dilakukan secara kromatografi kolom dan kromatografi lapis tipis (KLT). Penetapan struktur molekul dilakukan dengan cara spektroskopi. Pada uji antibakteri, untuk penentuan diameter daerah hambatan (DDH) digunakan metode kertas cakram dan untuk penentuan konsentrasi hambatan minimum (KHM) digunakan metoda penipisan lempeng agar dan pengenceran serial tabung. Larutan uji yang digunakan adalah larutan infus dan ekstrak kloroform-metanol (1:1). Hasil isolasi dari fraksi n-heksana diperoleh senyawa β-sitosterol dan dari fraksi kloroforrn diperoleh senyawa yang diperkirakan adalah asam 3β-hidroksi-19αH-2O(29)-lupen 28α-oat dan diduga merupakan suatu senyawa baru. Hasil percobaan uji antibakteri menunjukkan bahwabaik larutan infus maupun ekstrak kloroform-metanol (1:1) mempunyai daya hambat terhadap kuman Escherichia cols, Staphylococcus aureus dan Leptospira bataviae.

---

The method used in this isolation is the fractionated extraction with the mixed solvents chloroform-methanol (1:1) with is later proceed with the n-hexane and chloroform at the room temperature. The isolated compounds were characterized by spectroscopic methods.

The antibacterial test was carried out, based on inhibition zona diameter by using diffusion method and minimum inhibitory concentration by using dilution method. The samples being used for antibacterial activity are the infuse and the extract from chloroform-methanol (1:1) fraction.

The isolated compounds from the n-hexane extract is identified as R-sitosterol and from chloroform extract was isolated 3β-hidroxy-19αH-20(29)-lupen-28α-oic acid and predicted as a new compound. For antibacterial test, both the infuse and the extract chloroform-methanol (1:1), respectively, exhibit activities against Escherichia coil, Staphylococcus aureus and Leptospira bataviae."