Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Air adalah komponen penting dalam kehidupan manusia. Namun, konsumsi air yang terkontaminasi kuman patogen dapat membahayakan manusia. Oleh karena itu, uji kualitas mikrobiologis air penting untuk dilakukan. Escherichia coli disebut sebagai organisme indikator karena E. coli adalah flora normal dalam saluran pencernaan manusia, sehingga keberadaannya dalam air mengindikasikan bahwa air tersebut terkontaminasi oleh feses. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan metode Polymerase Chain Reaction menggunakan primer 16E1 dan 16E2 untuk mendeteksi adanya Escherichia coli dalam berbagai sampel air. DNA genomik E. coli diekstraksi menggunakan metode boiling, kemudian diamplifikasi menggunakan primer 16E1 dan 16E2.Hasil PCR positif E. coli ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran sekitar 584 pb pada gel elektroforesis. Dalam penelitian ini juga dilakukan uji konfirmasi hasil PCR menggunakan metode konvensional. Sebanyak empat dari sepuluh sampel terbukti positif mengandung E. coli. Escherichia coli dapat diidentifikasi dengan metode PCR menggunakan primer 16E1 dan 16E2 dengan target gen penyandi 16S rRNA menghasilkan fragmen berukuran 584 pb pada gel elektroforesis. PCR dapat mendeteksi E. coli lebih cepat daripada metode konvensional.

---

Water is an essential part in human life. However, consumption of water that is contaminated by pathogenic microbes can be hazardous to human. Therefore, it is important to do the water microbiological quality test. Escherichia coli is called indicator organism because E. coli is the normal flora in human's gastrointestinal tract, so its presence in water indicates that the water is contaminated by feces. The objective of this study is to apply the Polymerase Chain Reaction method using 16E1 and 16E2 primers to detect the presence of Escherichia coli in various water sample.The genomic DNA of E. coli was extracted using boiling method, and then amplified using 16E1 and 16E2 primers. E. coli positive PCR result was showed by DNA fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. Confirmation test of PCR result was also done in this study using the conventional method. Four out of ten samples was proved E. coli positive. E. coli can be identified by PCR method using 16E1 and 16E2 primers with 16S rRNA gene as a target, produced fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. PCR can detect E. coli faster than the conventional method."

"Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) adalah penyebab utama diare anak di negara berkembang terkait atas kemampuan ETEC dalam menghasilkan 2 jenis toksin, yaitu Heat-stable toxin (ST) dan Heat-labile toxin (LT) yang disandikan oleh gen ST dan LT. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi ETEC ST menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) serta mengetahui jumlah kejadian diare yang disebabkan oleh ETEC ST pada pasien diare anak di Jakarta. Metode PCR adalah metode pendeteksi yang sensitif, spesifik dan cepat untuk mendeteksi keberadaan gen penyandi ST pada sampel. Deoxyribonucleic acid (DNA) bakteri diekstraksi menggunakan boiling method, kemudian diamplifikasi menggunakan primer JW7 dan JW14. Hasil PCR positif ETEC ST ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran 190 pb pada gel elektroforesis. Dari 683 sampel, sebanyak 44 (6,4%) sampel positif ETEC dan sebanyak 75% sampel dari hasil tersebut adalah ETEC yang memproduksi ST. Dari 156 sampel kelompok kontrol, sebanyak 3 (1,9%) sampel positif ETEC ST. Dari analisis data menggunakan metode Kai Kuadrat, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara prevalensi ETEC ST pada kelompok kasus dan kelompok kontrol, pasien wanita dan pria serta pada pasien berusia di bawah dan di atas 1 tahun. Analisis data menggunakan metode Fisher, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara pasien yang berasal dari Rumah Sakit dengan yang berasal dari PUSKESMAS."

"Antimicrobial Resistance (AMR) menyebabkan penurunan efektivitas pengobatan dan dapat dideteksi dengan keberadaan Antibiotik Resistance Genes (ARG) seperti bla_CTX-M yang paling banyak ditemukan dan memberikan resistansi terhadap antibiotik sefotaksim. Hingga saat ini, belum ada penelitian yang bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen bla_CTX-M pada Sungai Bekasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konsentrasi bakteri Escherichia coli non-selektif dan resistan pada hilir Sungai Bekasi, menganalisis keberadaan ARG bla_CTX-M pada bakteri E. coli tersebut, serta memberikan rekomendasi lokasi sampling bakteri E. coli untuk mendeteksi AMR. Metode Polymerase Chain Reaction pada penelitian ini digunakan untuk mengamplifikasi DNA dan dilanjutkan dengan elektroforesis untuk pembacaan ukuran DNA. Berdasarkan hasil penelitian, hilir Sungai Bekasi memiliki rata-rata konsentrasi bakteri E. coli non-selektif sebesar 261 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 207 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Sedangkan, rata-rata konsentrasi bakteri E. coli resistansi antibiotik sefotaksim sebesar 26 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 20 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Rasio perbandingan bakteri E. coli resisten antibiotik dengan bakteri E. coli non-selektif adalah 9,78% dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan 9,27% dengan titik sampling di pinggir sungai. Hasil penelitian mendapatkan bahwa adanya keberadaan gen resistansi antibiotik bla_CTX-M pada hilir Sungai Bekasi sebanyak 80% dari sampel yang diambil. Dimana gen yang mendominasi adalah CTX-M grup 1 yang beranggotakan gen CTX-M-1, CTX-M-3, dan CTX-M-15. Hasil penelitian juga menunjukan bahwa sampel dari pinggir sungai memiliki hasil yang lebih homogen dan lebih mudah untuk dilakukan.

---

Antimicrobial Resistance (AMR) causes a decrease in the effectiveness of treatment and can be detected by the presence of Antibiotic Resistance Genes (ARG) such as bla_CTX-M which is the most commonly found and provides resistance to the antibiotic cefotaxime. Until now, there has been no research aimed at detecting the presence of the bla_CTX-M gene in the Bekasi River. This study aims to analyze the concentration of non-selective and resistant Escherichia coli bacteria at downstream of the Bekasi River, analyze the presence of ARG bla_CTX-M in the E. coli bacteria, and provide recommendations for sampling locations for E. coli bacteria to detect AMR. The Polymerase Chain Reaction method in this study was used to amplify DNA and was followed by electrophoresis to read the size of the DNA. Based on the research results, the downstream Bekasi River has an average concentration of non-selective E. coli bacteria of 261 CFU/mL with a sampling point 1/3 from the riverbank and 207 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. Meanwhile, the average concentration of cefotaxime-resistant E. coli bacteria was 26 CFU/mL with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 20 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. The ratio of antibiotic resistant E. coli bacteria to non-selective E. coli bacteria was 9.78% with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 9.27% with a sampling point on the riverbank. The results of the study found that the presence of the bla_CTX-M antibiotic resistance gene in the downstream of the Bekasi River was as much as 80% of the samples taken. Where the dominant gene was CTX-M group 1 consisting of the CTX-M-1, CTX-M-3, and CTX-M-15. The results of the study also shown that samples from the riverbank have more homogeneous results and are easier to carry out."

"Toksoplasmosis adalah penyakit yang disebabkan oleh Toxoplasma gondii, penyakit tersebut menyebabkan kelainan kongenital seperti hidrosefalus, katarak, retinitis, retardasi mental, abortus dan pada penderita imunodefisiensi gejala menjadi lebih berat. Karena itu pelt' dilakukan diagnosis dini, supaya dapat di beri pengobatan secepatnya.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah teknik PCR dapat mendeteksi DNA genom Toxoplasma gondii. Teknik ini dilakukan terhadap DNA genom takizoit T gondii, dengan menggunakan primer 5' GGA ACT GCA TCC GTT CAT GAG 3' dan 5' TCT TTA AAG CGT TCG TGG TC 3', dan dilakukan standarisasi terhadap konsentrasi MgCI2 (1.5 dan 2.0 mM), konsentrasi enzim taq polimerase (0.7 unit dan 1.75 unit), konsentrasi DNA cetakan 50, 5, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01, 0.005, dan 0.001 ng, dan jumlah siklus (35 siklus dan 55 siklus).Hasil menunjukkan bahwa konsentrasi MgCI2 (1.5 mM), 1.75 unit taq polimerase, konsentrasi DNA cetakan 50, 5, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01, 0.005, dan 0.001 ng, dan jumlah siklus 55 memberikan hasil produk PCR berupa pita berukuran 193 pb.Berdasarkan hasil ini dapat disimpulkan bahwa teknik PCR sangat sensitif, yaltu dapat mendeteksi 1 pg DNA Toxoplasma gondii (1 takizoit)."

"Toxopiasnia Gondii adalah suatu protozoa yang dapat menginfeksi manusia. Infeksi T.gondii pada orang dewasa biasanva tanpa gejala klinis, sedangkan pada orang yang imunokompromais dapat berakibat fatal. Diagnosis toksoplasinosis biasanya dilakukan dengan uji serologi yaitu enzyrnelinked inunurnosorbent assay (ELISA) untuk mendeteksi IgG dan IgM Namun pemeriksaan serologi ini tidak memberikan hasil yang memuaskan, sedangkan pengobatan dini perlu dilakukan. Polymerase chain reaction (PCR) merupakan salah satu teknik yang dapat mengatasi masalah tersebut. Penetitian bertujuan untuk mengetahui apakah teknik PCR dapat mendeteksi DNA T.gondii dengan optimasi tekniknya. Teknik ini dilakukan terhadap DNA takizoit T.gondii dengan menggunakan primer 5'GGAACTGCATCCGTTCATGAG3' dan 5'TCITTAAAGCGTTCGTGGTC3'. konsentrasi MgC12 1,5 mM dan 2,0 mM, konsentrasi enzim taq polimerase 0,7 U dan 1,75 U, konsentrasi cetakan DNA 50; 5; 1; 0,5; 0,1; 0,05; 0,01; 0,005 dan 0,001 ng dan jumlah siklus : 35 dan 55 siklus. Hasil menunjukkan bahwa konsentrasi MgC12 1,5 mM, konsentrasi taq polimerase 1,75 U dengan jumlah siklus 55 inemberikan hasil produk PCR berupa pita berukuran 193 hp dengan konsentrasi cetakan DNA sampai 0,00 ng. Dapat disimpulkan bahwa teknik PCR merupakan teknik yang sensitif yaitu dapat mendeteksi 1 pg DNA gondii.

---

Polymerase Chain Reaction to Detect Tachyzoites of Toxoplasma gondiiToxoplasma gondii is a protozoan which can infect human. T. gondii infection is oiler asymptomatic in healthy individuals, however in imrnunocompromised individuals it can be fatal. Diagnosis of toxoplasmosis is usually performed by serology using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) to detect IgG and IgM. However, serology tests do not give an adequate result, while early treatment is necessarily performed. Polymerase chain reaction is a technique which can solve the problem.

The aim of this study is to know whether the PCR technique can detect ".gondii DNA. The technique was performed on DNA of T .gondii tachyzoites using Bl gene primers : 5' GGAACTGCATCCGITCATGAG3' and 5'TCTTTAAAGCGTTCGTG G T C with MgCI2 concentrations of 1.5 mM and 2.0 mM, taq polymerase concentrations of 0.7 U and 1.75U, with DNA template concentations of 50, 5, 1, 0.5. U.1, 0.05, 0.01, 0.005 and 0.001 n.. Cycles used in this study were 35 and 55.

The results showed that concentrations of 1.5 mM MgC12 and 1.75 U taq polymerase using 55 cycles gave good PCR results. With electrophoresis, the PCR product was a band of 193 bp.

It was concluded that PCR is a sensitive technique which can detect 1 pg of T .gondii DNA."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"Salah satu bakteri penyebab diare yang sering ditemui adalah galurEnterotoxigenic Escherichia coli (ETEC). Uji biokimia dan penentuanserotipe tidak dapat membedakan galur ETEC dengan galur Escherichia colinonpatogenik. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasiETEC menggunakan faktor virulensinya yaitu enterotoksin heat-labile (LT).Metode yang diaplikasikan untuk identifikasi enterotoksin LT adalahPolymerase Chain Reaction (PCR) multipleks karena metode ini tidak hanyasensitif, spesifik, cepat, tetapi juga praktis karena mampu mengidentifikasigen LT bersamaan dengan gen toksin lainnya yaitu gen enterotoksin heatstable(ST). Setelah diidentifikasi, sampel positif ETEC-LT ditentukanprevalensi dan pola infeksi musimannya. Selain itu, ditentukan pulaperbedaan prevalensi ETEC-LT pada kelompok kasus-kontrol, kategori umur,kategori jenis kelamin dan kategori asal sampel. Dari 683 isolat Escherichiacoli pasien diare anak-anak di Jakarta, metode ini berhasil mengidentifikasi44 (6,4%) isolat yang positif ETEC, 8 (18,2%) diantaranya positif ETEC-LT.Sementara pada 156 sampel kontrol, tidak ada isolat yang positif ETEC-LT.Melalui analisis statistik Fisher Exact Test didapatkan perbedaan prevalensiETEC-LT yang tidak bermakna pada kelompok kontrol dan kelompok kasusdiare. Demikian pula pada kategori asal sampel dan jenis kelamin. Namunpada kategori usia, kelompok usia 6-11 bulan mendominasi kelompok usia lainnya. Analisis pola musiman infeksi ETEC-LT menyatakan bahwaprevalensi tertinggi ETEC-LT terjadi pada bulan Februari yang merupakanpertengahan musim hujan di Indonesia."

"Actinomycetes telah dikenal sebagai bakteri penghasil antibiotik terbesar di alam. Aktivitas antibakteri isolat Actinomycetes dari usus rayap yang merupakan koleksi Bioteknologi, BPPT, Serpong, Tangerang telah dilakukan penelitiannya. Sebanyak 50 isolat Actinomycetes di uji aktivitas antibakteri dengan menggunakan metode cakram terhadap bakteri Gram positif (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) dan bakteri Gram negatif (Escherichia coli ATCC 25922).Dari hasil pengamatan di dapat 2 isolat yang mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram negatif, 9 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan 4 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan negatif. Isolat yang mempunyai aktivitas antibakteri selanjutnya di identifikasi secara genetik dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Identifikasi Actinomycetes sampai tingkat genus menggunakan enzim restriksi Sau3A1. Enzim ini signifikan untuk membedakan antara genus Streptomyces dan non Streptomyces dengan ukuran basa yang berbeda. Metode ini dilakukan dalam waktu singkat dengan menggunakan hasil polymerase chain reaction (PCR). Dari hasil identifikasi didapat 10 isolat yang merupakan genus Streptomyces, 4 isolat

---

Actinomycetes is recognized as prokaryot organism which produce a lot of antibiotic in nature. Antibacterial activity of Actinomycetes isolated from termits gut which is collected from Biotechnology, BPPT, Serpong, Tangerang had been investigated. A total of 50 isolates Actinomycetes were subjected to screen antibacterial activity by disc method against Gram positive (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) and Gram negative (Escherichia coli ATCC 25922).It was observed that 2 isolates were active against Gram positive, 9 isolates against Gram positive, and 4 isolates against both Gram positive and Gram negative. Isolates which have antibacterial activity were identified using polymerase chain reaction (PCR) technique, and then using restriction enzyme Sau3A1 to identify up to genus level of Actinomycetes. This enzyme significantly differentiate both Streptomyces and non Streptomyces with different base pairs. This method could be achieved in a short time, using PCR product of gen 16S rDNA. From identification results there were 10 isolates of Streptomyces and 4 isolates of non Streptomyces."

"Rotavirus grup A merupakan salah satu agen penting yang paling banyak menyebabkan penyakit diare pada anak-anak dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi. Studi menunjukkan rotavirus bertanggung jawab atas kematian kurang lebih 800.000 anak pertahunnya di dunia. Tingginya tingkat morbiditas dan mortalitas yang ditunjukkan oleh infeksi virus ini mendorong dilakukannya penelitian terhadap galur rotavirus untuk pengembangan pembuatan vaksin yang efektif sebagai salah satu upaya mencegah terjadinya wabah yang lebih besar. Pada penelitian ini 413 sampel feses dikumpulkan selama rentang waktu bulan September 2005 sampai September 2006 dan diperoleh dari pasien anak-anak dengan gejala diare di wilayah Denpasar-Bali. Sampel diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan sebanyak 209 sampel memberikan hasil positif (50,60%). Analisis kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan gen penyandi VP7 untuk serotipe G dan gen VP4 untuk serotipe P. Hasil uji dengan metode tersebut menunjukkan prevalensi dari mix serotipe G4G9 dengan P[8] adalah yang paling banyak ditemui di Denpasar (47,36%).

---

Human group A rotavirus is the most pathogenic agent which can cause diarrhea in children with a highly severity. Studies showed that rotavirus are responsible for more than 800.000 infants and children deaths annually in the worldwide. The high extremely morbidity and mortality associated with rotavirus emphasizes the need to develope an effective vaccine to reduce the disease incidence. In this study 413 stool samples are collected from September 2005 through September 2006 from children with diarrhea in Denpasar-Bali. Group A rotavirus was showed in 50,60% of the samples tested by Enzyme Immunoassay (EIA). The human rotavirus serotype were determined by using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using VP7 gene for G serotype and VP4 gene for P serotype. The final result are 47,36% were positive tested by PCR and demonstrated the prevalence of G4G9 with P[8] types was the most commonly rotavirus strain found in Denpasar."