Hasil Pencarian

Ditemukan 38511 dokumen yang sesuai dengan query

Karakterisasi genetik kambing gembrong dari karangasem Bali menggunakan DNA mikrosatelit : Genetics characteristic of gembrong goat from karangasem Bali using microsatellite DNA

"The present study was undertaken with primary objective to characterize of gembrong goat breeds. It is essential to characterize the germplasm for intragenetic variability, which will help in planning for conservation strategy as well as genetic improvement...."

Artikel Jurnal Universitas Indonesia Library

Septi Anggraini Sugiarti

Subkloning gen lipase menggunakan teknik pcr dari sistem escherichia coli dh5alfa ke sistem bacillus subtilis db104 = Subcloning of lipase gene with pcr technique from escherichia coli dh5alfa system into bacillus subtilis db104 system

"ABSTRAK

Enzim lipase EC 3.1.1.3, triasilgliserol asilhidrolase merupakan kelompok enzim yang menghidrolisis lemak menjadi asam lemak dan gliserol. Selain itu, enzim lipase berperan dalam berbagai rekasi, seperti reaksi esterifikasi, interesterifikasi, dan transesterifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan subkloning gen lipase Bacilus subtilis dari vektor pGEMlipA ke dalam vektor pSKE xyn AQ1 dengan metode Exponential Megapriming PCR EMP dan transformasi vektor pSKExynlipA rekombinan ke Bacilus subtilis DB104. Megaprimer yang digunakan untuk EMP disintesa melalui reaksi PCR menggungakan primer spesifik gen lipase yang didesain berdasarkan deret nukleotida gen lipA dan xynAQ1 sedemikian rupa sehingga merupakan gabungan deret nukleotida kedua gen tersebut, dengan vektor pGEMlipA sebagai template DNA. Produk PCR yang dihasilkan berukuran 792 pb selanjutnya digunakan sebagai megaprimer untuk EMP dengan vektor pSKExynAq1 sebagai template DNA. Produk EMP yang dihasilkan pSKExynlipA kemudian ditransformasikan ke dalam E. coli DH5 ? ? . Tahap selanjutnya vektor diekstraksi dari E. coli untuk ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 dengan metode protoplasting dilanjutkan dengan tahap integrasi gen lipA ke dalam kromosom B. subtilis DB104. Kloning gen lipase ke dalam vektor pSKExynAq1 dengan metode EMP telah berhasil dengan diperolehnya pita berukuran sesuai harapan, yaitu 7849 pb. Produk EMP tersebut berhasil mentransformasi E. coli DH5 ? ? yang tumbuh pada media LB yang mengandung ampisilin. Seleksi kualitatif klona positiF menggunakan media agar mengandung asam tri butirat TBA, tri-butyric acid berhasil mendapatkan 1 klona klon 1 yang menghasilkan zona bening. Plasmid rekombinan yang diisolasi dari klon 1 tersebut berhasil ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 pada media DM3 mengandung eritromisin. Analisis menggunakan enzim restriksi PstI terhadap plasmid pSKExynlipA yang diekstraksi dari beberapa transforman B. subtilis diperoleh 1 koloni rekombinan positif yang mengandung DNA target. Eksperimen integrasi kromosom menghasilkan pertumbuhan koloni pada media LB dengan berbagai konsentrasi eritromisin yaitu LB tanpa eritromisin, LB eritromisin 0,5 g/ mL, dan LB eritromisin 5 g/ mL. Analisis terhadap klona integran positif dilakukan dengan PCR genom, namun hasil penelitian menunjukkan belum didapatkan klona positif dari 60 klona yang tumbuh pada media LB tanpa eritromisin.

ABSTRACT

Enzyme lipase EC 3.1.1.3, triasilglycerol acylhydrolase is a group of enzymes that hydrolyzed fat into fatty acids and glycerol. In addition, the lipase enzyme plays a role in various reactions, such as esterification, interesterification, and transesterification reactions. The present study was conducted to subclone the Baillus subtilis lipase gene lipA cloned in the pGEMlipA recombinant vector into pSKExynAQ1 recombinant vector by EMP method and to transform the resulted pSKExynlipA recombinant vector into Bacilus subtilis DB104. Megaprimer used in the EMP was synthesized by PCR using a pair of gen specific primer designed based on lipA and xynAq1 nucleotide sequencces so that the oligonucleotide is a comibantion of both nucleotide sequences, with pGEMlipA served as DNA template. The resulted PCR product was used as megaprimer for the EMP with the pSKExynAq1 recombinant vector served as DNA template. The resulted EMP product pSKExynlipA was used to transform E. coli DH5 . The recombinant vector was then extracted from E. coli to be transformed into B. subtilis DB104 by the method of protoplasting followed by integration of the lipase gen into the B. subtilis DB104 chromosome. EMP Cloning of the lipase gene into the pSKExynAQ1 vector has been successfuly conducted that resulted in specific band of 7849 bp. The EMP product was successfully transformed E. coli colonies grew on LB media containing ampicillin. Qualitiative selection of positive colonies using TBA tri butyric acid agar media resulted in 1 positive clone clone 1 that produed a clear zone. The recombinant plasmid has been successfully transformed into B. subtilis DB104 using protoplasting method. Analyzed recombinant with digestion using PstI restriction enzyme showed 1 colony as positive recombinant containing target DNA. The result of chromosome integration showed colonies growing on LB medium with various erythromycin concentrations, LB without erythromycin, LB erythromycin 0.5 g mL, and LB erythromycin 5 g mL. The isolat was analyzed with genomic PCR, and the results showed no positive isolates from 60 clones. "

Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018

T49873

UI - Tesis Membership Universitas Indonesia Library

Keragaman genetik udang jari (Metanpenaeus elgants de Man 1907) berdasarkan karakter morfometrik di laguna segara anakan Cilacap, Jawa Tengah

"This research was aimed to reveal genetic variation in finger shrimp (Metapenaeus elegant) of segara anakan lagoon based on morphometric features...."

Artikel Jurnal Universitas Indonesia Library

Nyoman Arda Wibawa

Analisis ekspresi gen terdiferensiasi pada data microarray penyakit alzheimer menggunakan bicmix = Analysis of differentiated gene expressions in microarray data of alzheimer's disease using bicmix

"Penelitian ini bertujuan untuk mencari gen terdiferensiasi dan informasi biologis dari data ekspresi gen penyakit Alzheimer. Data yang digunakan merupakan data microarray penyakit Alzheimer yang berukuran 54675 peobes × 161 sampel. Data tersebut diperoleh dari National Centre for Biotechnology Information (NCBI) yang dapat diakses melalui laman: http://www.ncbi/nlm.nih.gov/. Gen yang memiliki ekspresi terdiferensiasi diseleksi menggunakan algoritma Delta Relative Deviation dan Absolute Deviation (DARDAD). 7089 gen dengan ekspresi terdiferensiasi pada sampel sakit selanjutnya dianalisis menggunakan metode biclustering. Bicluster didapatkan dengan menggunakan model BicMix yang memodelkan matriks ekspresi gen sebagai perkalian dua parameter ditambah matriks eror. Hasil faktorisasi dari Singular Value Decomposition (SVD) digunakan untuk menginisialisasi proses estimasi parameter model BicMix menggunakan metode iteratif Variational Expectation Maximization (VEM). Hasil bicluster selanjutnya dianalisis menggunakan Gene Ontology dan Disease Ontology. Didapatkan 30 bicluster dan beberapa penyakit yang berkaitan dengan penyakit Alzheimer.

The purpose of this research is to find genes that differentially expressed and biologic information from Alzheimer's gene expression data. Microarray data of Alzheimer's disease with 54675 probes × 161 samples were used in this research. Data downloaded from National Centre for Biotechnology Information (NCBI), http://www.ncbi/nlm.nih.gov/. Delta Relative Deviation and Absolute Deviation (DARDAD) were used to find differentially expressed genes. 7089 differentially expressed genes then analyzed using biclustering method with BicMix model. BicMix modeled gene expression matrix data as multiplication two parameters and an error matrix. Parameters in the model estimated using Singular Value Decomposition (SVD) - Variational Expectation Expectation Maximization (VEM). Bicluster result then analyzed using Gene Ontology and Disease Ontology. Result of this research are 30 biclusters and disease that are active in Alzheimer."

Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019

T54494

UI - Tesis Membership Universitas Indonesia Library

Larashintya Rulita

Optimasi Perolehan DNA Mikrobiota yang Diekstraksi dari Mekonium dan Feses Neonatus Prematur untuk Analisisnya dengan Next Generation Sequencing 16S rRNA = Optimization of Microbiota DNA Acquisition Extracted from Meconium and Feces Preterm Neonates for Analysis with 16S rRNA Next Generation Sequencing

"Komposisi komunitas mikrobiota usus pada neonatus prematur dapat diidentifikasi menngunakan mekonium dan feses. Akan tetapi, penelitian menggunakan sampel mekonium dan feses memiliki tantangan tersendiri karena konsistensinya serta kandungan inhibitor PCR yang tinggi pada sampel mekonium dan feses. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi perolehan DNA mikrobiota mekonium dan feses dari neonatus yang lahir prematur di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo. Penelitian dilakukan dengan mengambil sampel mekonium, feses 4 dan 7 hari setelah kelahiran dari neonatus prematur. Setelah itu, dilakukan optimasi proses perolehan DNA. Parameter yang dioptimasi yaitu dengan mempertimbangkan jumlah dan kondisi sampel, penggunaan kit ekstraksi yaitu Qiagen DNeasy Powersoil Kit dan MP Biomedical FastDNA Spin Kit for Soil, tahap preparasi sampel, dan tahap elusi DNA. Selanjutnya, DNA genomik hasil ekstraksi dikuantifikasi serta dikonfirmasi menggunakan Polymerase Chain Reaction sebelum tahap NGS. Hasil pada penelitian ini yaitu sampel yang dilakukan optimasi dengan replikasi jumlah sampel sebanyak 2 kali, menggunakan sampel segar, menggunakan buffer elusi dengan volume yang lebih sedikit, pelarutan sampel menggunakan ddH2O, dan diekstraksi menggunakan MP Biomedical FastDNA Spin Kit for Soil menghasilkan konsentrasi serta kemurnian yang lebih tinggi. Kesimpulannya, perlu dilakukan optimasi pada tahap ekstraksi DNA untuk menghasilkan perolehan serta kemurnian DNA yang tinggi."

Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020

S-Pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Zaenal Arifin

Optimasi primer dengan target gen dnaK untuk deteksi dan kuantifikasi Bifidobacterium animalis subspesies lactis menggunakan kuantitatif real-time PCR = Primer optimization target genes dnaK to detection and quantification Bifidobacterium animalis subspecies lactis quantification using quantitative real-time PCR

"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."

Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013

S46522

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Dyah Haryuningtyas Sawitri

Studi virulensi trypanosoma evansi isolat indonesia dengan penentuan marka molekular DNA mikrosatelit dan analisis profil sitokin pada mencit Mus musculus = Virulence study of trypanosoma evansi isolates from Indonesia and identification of molecular marker based on microsatellite DNA and cytokine profile analyses in mice Mus musculus

"ABSTRAK

Pendahuluan :Trypanosoma evansi adalah protozoa berflagella yang bersirkulasi

di dalam darah secara ekstraseluler sebagai agen penyakit Surra serta menyerang

seluruh hewan vertebrata, serta berpotensi sebagai zoonosis. Informasi virulensi

isolat T. evansi sangat dibutuhkan untuk penentuan strategi pengobatan Surra di

daerah wabah dan endemis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi

virulensi isolat T. evansi yang dikoleksi dari berbagai wilayah di Indonesia

termasuk memperoleh marka genetik serta mengetahui profil sitokin pada mencit.

Disamping itu, dilakukan juga uji serologis pada peternak di daerah wabah Surra

Metode : Sebanyak 32 isolat lokal T. evansi dikonfimasi dengan PCR multiplex

(ITS-1; Te Ro Tat 1,2 VSG dan ESAG6/7), selanjutnya diuji virulensinya dengan

menginfeksikan104 parasit pada mencit galur DDY. Studi genotyping populasi

T. evansi dievaluasi dengan 8 marka mikrosatelit Tbb-1, Tbb-5, Tbb-9, Tbb-10,

MORF2-CA, M6C8-CA, MEST-19AT, MT3033-AT. Dua isolat yang berbeda

virulensi (tinggi-Bang87 dan rendah-Pml 287) dipilih untuk uji imunopatogenitas

sedangkan serum peternak diuji dengan metode FELISA dan CATT T. evansi.

Hasil : Dari 32 isolat tersebut terbagi menjadi 17 isolat bervirulensi tinggi, 11

isolat bervirulensi moderat dan 4 isolat bervirulensi rendah dengan 8 pola tingkat

parasitemia. Analisis Neigbour Joining (NJ) terhadap 8 lokus berdasarkan Multi

Lokus Genotipe (MLG) mikrosatelit terbagi menjadi 4 populasi, yaitu MLG A,

MLG B, MLG C dan MLG D. Analisis terhadap struktur populasi juga

memberikan hasil yang sama dengan terbentuknya 4 klaster. Hasil ini juga

membuktikan bahwa marka yang digunakan bersifat spesifik lokasi. Sebanyak

tiga marka mengindikasikan adanya asosiasi antara virulensi dan MLG (Tbb-1,

M6C8-CA dan MEST-19). Kadar IFN-γ meningkat secara tajam pada mencit

yang diinfeksi isolat Bang 87 pada 4hpi berkorelasi negatif yang signifikan

(p<0,05) dengan kadar IL-10, sedangkan pada mencit yang diinfeksi isolat Pml

287, peningkatan kadar IFNγ berkorelasi positif dengan kadar IL-10. Kematian

dini pada mencit yang diinfeksi isolat Bang 87 disebabkan oleh sindrom respon

inflamasi sitemik. Hasil uji serologis menunjukkan bahwa 4 dari 24 serum

peternak (16,67%) didaerah wabah positif dan seluruh serum negatif untuk

daerah non wabah.

Kesimpulan : Variasi virulensi T. evansi isolat Indonesia memiliki karakter

molekular yang berbeda serta menginduksi pola mediator sitokin pro dan

antiinflamasi yang berhubungan dengan pola manifestasi patologi yang berbeda.

Marka mikrosatelit pada studi ini mampu mengidentifikasi asal usul sumber

infeksi, dan tingkat virulensi isolat yang sedang bersirkulasi. Surra berpotensi

sebagai emerging zoonosis, terutama bagi peternak didaerah wabah dan endemis.

ABSTRACT

Introduction: Trypanosoma evansi is an extracellular homoflagellate of

protozoan blood causing Surra. The disease attacks all vertebrates and potentially

as zoonosis. Virulence analysis of T. evansi is a fundamental knowledge to

determine treatment strategies of Surra in both outbreak and endemic areas. The

aims of this study was to determine virulence variation of T. evansi isolates

collected from various regions in Indonesia and to obtained genetic markers as

well as cytokine profile in mice. In addition, serological test was also carried out

to farmers living in a Surra outbreak area

Methods: Total of 32 isolates of T. evansi corfirmed with multiplex PCR (ITS-1;

Te Ro Tat 1.2 VSG and ESAG6 / 7), were further tested with inoculation 104

parasite in DDY mice strain. The population genotype study of T. evansi was

evaluated with 8 microsatellite markers (Tbb-1, Tbb-5, Tbb-9, Tbb-10-CA

MORF2, M6C8-CA, MEST-19AT, MT3033-AT). Two different virulence

isolates, high-Bang87 and low-PML287 was selected to cytokine profile analysis

using ELISA, while farmers sera were tested using CATT and FELISA kits

Results: A total of 32 local isolates of T. evansi tested were divided into three

different virulences, i.e. 17 high virulence isolates, 11 moderate virulence and 4

low virulence isolates forming 8 pattern parasitemia levels. Based on Neigbour

Joining (NJ) on 8 Microsatellite Multilocus Genotype (MLGs) was grouped into

4 populations (MLG A, MLG B, MLG C and MLG D). Stucture population

analysis also provided the similar result generating 4 clusters. These results

indicated that the markers used in this study had a specific location property.

Three markers (TBB-1, and MEST M6C8-CA-19) showed an association

between virulence and MLG. IFN-γ levels increased significantly in mice

infected with Bang 87 isolate on 4th day post infection (dpi) having a significant

negative correlation (p <0.05) with increased IL-10 levels, whereas in mice

infected by PML 287 isolate, IFN-γ levels were positively correlated with IL- 10

levels. Early death in mice infected with Bang87 isolates was caused by systemic

inflammatory response syndrome (SIRS). Result of serological test showed that 4 out

of 24 farmers sera (16.67%) from outbreak areas are positive and all sample from

free area are negative.

Conclusion: Virulence variation of T. evansi isolates from Indonesia has

different molecular character and induces cytokine pattern of pro and antiinflammatory

mediators associated with distinct patterns of pathological

manifestations. The microsatellite markers found in this study are able to identify

origin of infection sources dan determine virulence of isolates that circulate on the

outbreak area. Surra is potential new emerging disease, particularly for farmers or

immunosurpressed individuals who living in both endemic and outbreak areas;Introduction: Trypanosoma evansi is an extracellular homoflagellate of