Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ruang tingkup dan cara penelitian: Sampai saat ini, diagnosis malaria ditegakkan berdasarkan pemeriksaan mikroskopik. Cara ini memiliki keterbatasan : untuk mendapatkan tenaga mikroskopis yang berkualitas, mendeteksi parasit pads densitas rendah, mengidentifikasi spesies dan infeksi campur. Uji cepat malaria berdasarkan deteksi antigen yang dihasilkan plasmodium (HRP-2, pan-LDH dan aldolase) telah dikembangkan dengan menggunakan antibodi monokional. Adanya perbedaan batas deteksi terendah antara deteksi antigen dan pemeriksaan mikroskopik perlu digunakan PCR sebagai alat untuk koreksi, karena PCR mempunyai sensitivitas melebihi mikroskopik Dengan kelebihan ini, hasil pemeriksaan mikroskopik akan terkoreksi dengan baik. Sampel penelitian ini adalah 495 pasien tersangka malaria yang datang berobat ke Puskesmas Hanura (Lampung Selatan). Deteksi antigen dilakukan pads saat darah diambil Pemeriksaan mikroskopik dilakukan di Jakarta tanpa mengetahui hasil pemeriksaan deteksi antigen. Dari spot darah pasien DNA di ekstrak dengan menggunakan metode ekstraksi saponin-chelex dan selanjutnya dilakukan annplifikasi DNA dengan primer yang mengapit daerah 18S ssu rRNA.Hasil :Ketidak sesuaian hasil antara pemeriksaan mikroskopik dan deteksi antigen HRP-2 dengan atau tanpa pan-LDH, ditemukan pada 38 penderita yang dikelompokkan menjadi : 1) positif palsu sebanyak 47,4% (18/38), 2) negatif palsu 40% (15138); 3) ketidak sesuaian spesies 13,2% (5138). Setelah dikoreksi PCR, positif palsu berkurang menjadi 11 dan negatif palsu menjadi 14. Deteksi antigen HRP2 dengan atau tanpa pan-LDH mempunyai sensitivitas lebih balk dalam mendeteksi P.falciparum dibandingkan mikroskopik walaupun perbedaan tersebut tidak bermakna untuk deteksi antigen HRP-2 saja, tetapi bermakna untuk deteksi antigen HRP-2 dengan pan-LDH. Pemeriksaan mikroskopik mempunyai sensitivitas lebih baik dari pada deteksi antigen pan-LDH dalam mendeteksi P. viva:c tetapi perbedaan tersebut tidak bermakna.Kesimpulan : deteksi antigen HRP-2 dengan atau tanpa pan-LDH tidak dapat menggantikan pemeriksaan mikroskopik."

"Skrining darah pendonor di Indonesia terhadap malaria belum dilakukan dengan pemeriksaan laboratorium. Kemungkinan resiko penularan malaria melalui darah donor dapat terjadi dan membahayakan jiwa resipien. Malaria di kota Ambon berdasarkan Annual Parasite Incidence adalah 4,49? termasuk High Case Incidence (HCI). Penelitian ini bertujuan mengetahui prevalensi malaria dengan berbagai pemeriksaan laboratorium di kota Ambon. Dikumpulkan sebanyak 550 donor di Unit transfusi darah PMI Ambon dalam kurun waktu 3 bulan dan dilakukan berbagai pemeriksaan. Hasilnya memperlihatkan tidak satupun terdeteksi positif dengan pemeriksaan mikroskopik maupun rapid test antigen Pf HRP2-pan aldolase atau Pf HRP-2- PvLDH. Duapuluh dua donor terbukti mengandung immunoglobulin P. falciparum dengan rapid test antibodi. Lima donor lain positif dengan PCR menggunakan 18S rRNA. Penelitian ini membuktikan adanya potensi penularan malaria dari darah donor sebesar 4.9% di Pulau Ambon.

---

Screening of blood donors in Indonesia against malaria with laboratory tests have not been done. Possible risk of malaria transmission through donated blood may occur and endanger the lives of recipients. Malaria in the city of Ambon by Annual Parasite Incidence was 4.49 - including High Case Incidence (HCI). This study aims to determine the prevalence of malaria with a several laboratory tests in the city of Ambon. Collection of total 550 donors at Red Cross blood transfusion unit Ambon, was carried out for a period of 3 months and followed by various examinations. The results showed none detected positive by microscopic examination or antigen rapid test PfHRP2-aldolase or PfHRP2-LDH. Twenty-two donors were found to contain P. falciparum with immunoglobulin antibody rapid test, in addition five other donors positive by PCR using 18S rRNA. This study showed that the potency of malaria transmission by blood donors was 4.9% in the island of Ambon."

"Malaria merupakan penyakit yang masih menimbulkan masalab kesehatan Masyarakat Indonesia. Prevalensi malaria di beberapa daerah cukup tinggi dan menjadikan daerah tersebut endemik malaria. Diagnosis malaria ditegakkan melalui pemariksaan gejala ktJnis dan penemuan parasit pada pemariksaan darah seoara mikroskopik. Pemariksaan mikroskopik masih merupakan "Gold Standard", tetapi masih terdapat beberapa kendala dalam sensitivitas dan akurat. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengemhangkan diagnosis altematif pemariksaan malaria yang lebih sensitif dan akurat. Teknik PCR pada sampel urin tems dikembangkan sehagai altematif diagnosis malaria. Penelitian ini dileknkan pada 58 sampel urin yang diambil pada orang yang tlnggal di daerah endemik malaria dan dipariksa dengan teknik PCR dengan menggunakan primer ssu rRNA, didapatkan 42 sampel positif dengan sensitivitas 98 % dan spesilisitas 94 %. Uji diagnostik mikroskopik pada sampel darah dan PCR pada sampel untuk P falclparum didapatkan 18 posltif dengan sensitivitas 94% dan spesifisitas 94%, sedangkan untuk P. vlvax didapatkan 25 sampel positlf dengan sensitivitas 96% dan spesifisitas 94%. Teknik PCR dengan sampel urin dapat digunakan sebagai alat diagnostik malaria untuk menggantikan pemeriksaan mikroskopik darah karena memilild sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi (lebih dari 90% ).

---

Malaria is an infectious disease which is still causing a public health problem in many parts of Indonesia. There are many endemic areas where the prevalence of malaria is high . The diagnosis of malaria is commonly done by clinical examination and parasite finding at microscopic examination of blood sample. Microscopic examination is still used as a gold standard for malaria diagnosis, however this method is less sensitivity and accuracy especially in low parasitemia.

Therefore, it is a need to develop an alternative method which is more sensitive and accurate fur Malaria diagnosis. PCR method for urine sample is being developed as an alternative diagnosis for Malaria. A total of 58 individuals living in malaria endemic areas participated in blood and urine collections. The presence of malaria parasites in blood samples were detected by microscopic examination whereas the DNA of mrdarial parasites, P. falciparum and P. vivax, in urine samples were detected by PCR method using ssu rRNA primers. Positive results of both malarial parasites were found in 42 samples with 98% sensitivity and 94 % specificity.

Diagnostic test of microscopic examination of blood samples and PCR of urine samples showed that 18 samples were P. falciparum positive with 94% sensitivity and 94% specificity whereas 25 samples were positive for P. vivax with 96% sensitivity and 94% specificity. This study revealed that PCR method can be used as an alternative diagnostic tool for malaria because it has high sensitivity and specificity (more than 90 %)."

"ABSTRAKDiagnostik filariasis malayi secara konvensional menggunakan darah malam mempunyai kendala. Pemeriksaan darah vena siang hari dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menunjukkan hasil positif (Tuda,1999), tetapi cara ini mempunyai kendala di lapangan karena penduduk enggan diambil darahnya venanya. Untuk mengatasi kendala tersebut perlu dikembangkan cara diagnosis baru.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi DNA B. malayi pada kertas filter Whatman dengan menggunakan teknik PCR. Penelitian ini merupakan penelitian pendahuluan dalam skala laboratorium. Sampel yang digunakan adalah darah manusia sehat dari daerah non-endemis fialariasis dicampur dengan mikrofilaria (mi.) B. malayi yang diisolasi dari cairan infra peritoneal (IP) gerbil positif filaria. Berbagai konsentrasi pengenceran mf yang diuji adalah: 1, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 75, 100 mf dalam total volum masing- masing konsentrasi 60 μl campuran darah dan diteteskan pada kertas filter Whatman 3 mm. Dilakukan pula filtrasi cairan IP gerbil untuk membuang semua mikrofilaria yang ada di dalam cairan, lalu diambil 20 μl fitrat tersebut dan dicampur dengan 40 darah manusia sehat dari derah non-endemis filariasis. Kontrol negatif adalah 20 cairan NaCl 0,9% dicampur 40 μ1 darah manusia sehat dari daerah non-endemis filariasis. Filtrat dan kontrol negatif, masing-masing.diteteskan pada kertas filter Whatman. Setelah dilakukan ekstraksi, sebanyak 2 µl supernatan dari tiap-tiap perlakuan tersebut digunakan untuk PCR. Kontrol positif menggunakan 2μl pBma 68. Hasil PCR diamati pada elektroforesis, lalu divisualisasi menggunakan transluminalor dengan sinar UKTerlihat pita DNA dengan panjang 322 bp dan 644 bp (dimer) pada konsentrasi : 1,5, 10, 10, 20, 30, 40, 50, 75, 100 mf /60 μl campuran darah serta filtrat cairan IP. Konsentrasi terendah yang dapat terdeteksi adalah 1 mf / 60 μl campuran darah. Teknik PCR dapat mendeteksi adanya DNA B. malayi dalam cairan IP gerbil yang telah difiltrasi.

---

ABSTRACTDetection of DNA Brugia malayi on blood dropped on filter paper using PolymeraseChain Reaction (PCR)The conventional diagnostic of filariasis malayi using evening blood is handicapped by a certain constraint. The analysis of daytime venous blood using Polymerase Chain Reaction (PCR) shows positive results (Tuda, 1999), but this method confronts field opposition because people are reluctant to surrender their venous blood. To overcome this problem we have to develop a new diagnostic method.The purpose of this study is to detect DNA B. malayi on Whatman filter paper using PCR technique. This study is a preliminary study in a labolatorium scale. The sample used in the blood of healthy people living in a non-endemic filariasis area, mixed with microfilaria (mf) B. malayi, isolated from filaria positive gerbil intra peritoneal (IP) liquid. Several diluted concentrate tested were: 1, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 75, 100 mf, in total volume of each concentrate 60 μl mixed blood, dropped on 3 mm Whatman filter paper. Filtration was conducted on the IP gerbil liquid, in order to get rid of all microfilaria existing in the liquid, after which 20 µl filtrat was taken and mixed with 40 μl healthy people blood from non-endemic filariasis area.Filtrat and negative control, were dropped on Whatman filter paper. After extraction /isolation process, 2 µl supernatan from each treatment mentioned above were used for PCR. Positive control uses 2 μl pBma 68. The PCR result was scrutinized on electrophoresis, visualized later using transluminator with UV rays.Observed DNA ribbons of 332 bp and 644 bp (dimmer) length on the concentrate : 1, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 75, 100 mf / 60 μl mixed blood and filtrate liquid IP. The lowest concentration that could be detected was 1 mf / 60 μl mixed blood. Thus the PCR technique was able to detect the existence of DNA B. malayi on the gerbil IP liquid that has been filtrated."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"Lesi fokal otak merupakan komplikasi neurologi pada pasien HIV yang ditandai oleh lesi desak ruang (Space Occupying Lesion) yang membutuhkan penanganan cepat dan tepat. Di beberapa negara, lesi ini dapat disebabkan oleh toksoplasma ensefalitis dan limfoma otak primer. Lesi yang disebabkan oleh toksoplasmosis dan limfoma otak primer yang disebabkan oleh Epstein Barr virus sulit untuk dibedakan menggunakan CT scan ataupun MRI. Pemeriksaan gold standar untuk membedakan keduanya yaitu dengan biopsi otak, namun hal ini merupakan tindakan invasif dan dapat menimbulkan komplikasi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh uji deteksi untuk diagnosis cepat infeksi Toxoplasma gondii dan Epstein Barr virus. Desain yang dipakai pada penelitian adalah studi eksperimental laboratorium. Uji deteksi yang dikembangkan adalah dupleks real-time PCR yang dapat mendeteksi T.gondii dan EBV atau kombinasi keduanya dalam satu reaksi pada sampel pasien HIV dengan gejala klinis tersangka infeksi otak. Tahap pertama dilakukan optimasi dupleks real-time PCR meliputi suhu annealing, konsentrasi primer dan probe, uji volume elusi dan volume cetakan. Penentuan ambang batas deteksi dilakukan untuk mengukur minimal T.gondii dan EBV yang dapat dideteksi. Reaksi silang untuk mengetahui spesifisitas teknik dilakukan menggunakan bakteri dan virus sebagai berikut Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Candida spp, Cytomegalo virus, Herpes zoster virus, dan Varicella zoster virus. Dupleks real-time PCR yang telah optimal diaplikasi pada sampel pasien. Sampel yang digunakan adalah darah dan cairan serebrospinal dari pasien HIV dengan gejala klinis infeksi otak yang dirawat di bagian neurologi RSCM. Hasil optimasi dupleks real-time PCR diperoleh suhu annealing untuk T.gondii dan EBV 58°C, konsentrasi primer forward dan reverse untuk T.gondii dan EBV adalah 0,2 µM, konsentrasi probe T.gondii 0,4µM, konsentrasi probe EBV 0,2 µM. Deteksi ambang batas minimal DNA untuk T.gondii 5,68 copy /ml, sedangkan EBV 1,31 copy/ml. Uji yang dikembangkan pada penelitian ini termasuk uji yang sensitif dibandingkan hasil penelitian lain. Uji reaksi silang primer dan probe dupleks real-time PCR terhadap beberapa bakteri dan virus lain, menunjukkan tidak bereaksi silang dengan primer dan probe yang digunakan untuk mendeteksi T.gondii dan EBV. Hasil pemeriksaan dupleks real-time PCR pada sampel darah diperoleh 16% positif T.gondii, 40% positif Epstein Barr virus, sebanyak 16% positif Epstein Barr virus dan T.gondii dan pada sampel cairan serebrospinal diperoleh hasil 20% positif T.gondii, sebanyak 28% positif Epstein Barr virus dan 4% positif terhadap Epstein Barr Virus dan T.gondii.

---

Focal brain lesion is neurology complication in HIV that marked with Space Occupying Lesion (SOL), that need rapid and effective handling. In most country, this lesion could be cause by encephalitis toxoplasma and Primary Central Nervous System Lymphoma that related to Epstein Barr virus infection that was difficult to distinguished using CT scan or MRI. Gold standard to distinguished was brain biopsy, but this examination was invasive procedure that cause complication. Therefore, we need a reliable and rapid examination to distinguished it. This study aimed to get detection for rapid diagnosis of T.gondii and EBV infection. This study was an experimental laboratory. First step was optimation of dupleks real-time PCR include annealing temperature, primer andprobe consentration, elution volume and template volume. Minimal detection of DNA to measured minimal T.gondii and EBV that could be detected. Cross reaction to know technique spesivisity using bacterial and virus Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Candida spp, Cytomegalo virus, Herpes zoster virus, and Varicella zoster virus. Dupleks real-time PCR has been optimally applied to patient. The sample from blood and cerebrospinal fluid of HIV patients who admitted in the neurology department of RSCM then examined to duplex real-time PCR to detect T.gondii and EBV. The optimation of duplex real-time PCR, the annealing temperature for T.gondii and EBV were 58°C, consentration of primer forward and reverse for T.gondii and EBV were 0,2 µM, consentration of probe for T.gondii was 0,4µM and EBV was 0,2µM.. Minimal DNA detection for T.gondii was 5,68 copy/ml and EBV was 1,31 copy /ml. This study was sensitive like the others. Spesivisity technique of real-time PCR, there was not cross reaction between another bacteria and virus that used as primer and probe for T.gondii and EBV. From the results of the duplex real-time PCR on blood samples, 16 % was positive T.gondii, 40% Epstein Barr virus, and 16% were positive Epstein Barr virus and T.gondii and from cerebrospinal fluid samples 20% was positive T.gondii, 28% was positive Epstein Barr virus and 4% were positive for Epstein Barr Virus and T.gondii."

"ABSTRAK Latar belakang : Cytomegalovirus (CMV) merupakan salah satu infeksi oportunistikpada pasien dengan sindrom immunodefisiensi (AIDS). Gejala klinis dan CT scantidak dapat menegakkan diagnosa definitif ensefalitis CMV. Oleh karena itudiperlukan uji alternatif untuk menegakkan diagnosis infeksi CMV pada pasien HIVdengan infeksi otak. Salah satu uji yang sensitif dan spesifik adalah Real TimePolymerase Chain Reaction (rPCR).Tujuan : Mendapatkan uji deteksi molekular CMV pada pasien HIV dengantersangka infeksi otak.Metode : Penelitian dilakukan dalam 3 tahap. Tahap 1 adalah optimasi konsentrasiprimer, probe, suhu annealing, volume elusi ekstraksi DNA, dan volume cetakan.Tahap 2 adalah uji spesifisitas (reaksi silang) dan uji sensitivitas (ambang batasdeteksi DNA) rPCR dan tahap 3 adalah penerapan uji rPCR yang sudah dioptimasiterhadap sampel plasma, urin, dan LCS.Hasil : Kondisi optimal uji rPCR telah diperoleh dengan konsentrasi primer danprobe 0,1 μM, dengan kondisi suhu reaksi rPCR: aktivasi enzim pada 950C selama 3menit; 45 siklus pada 950C selama 15 detik (denaturasi) dan 560C selama 1 menit(annealing dan ekstensi). Volume elusi ekstraksi DNA yang optimal untuk ketigajenis sampel (LCS, plasma dan urin) adalah 40 μL, dan volume cetakan rPCR untukLCS, plasma, dan urin, masing-masing adalah 5, 4, dan 3 μL. Uji rPCR mampumendeteksi DNA pada 50.000 jumlah kopi/mL dan tidak bereaksi silang denganStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, EBV,HSV,dan VZV. Penerapan ujirPCR pada sampel klinis memberikan hasil negatif pada semua sampel LCS, 72,22%positif pada sampel plasma, dan 72,22% positif pada sampel urin.Kesimpulan: Telah dilakukan optimasi uji rPCR dengan minimal deteksi DNACMV 50.000 jumlah kopi/mL dan tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme yangberpotensi menyebabkan positif palsu (false positive).ABSTRACT Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results."

"Penentuan adanya parasit B. malayi dalam darah dengan cara konvensional menggunakan membran filtrasi banyak mengalami kendala. Penyebabnya antara lain karena keengganan penduduk diambil darahnya waktu malam hari saat istirahat. Pengambilan darah waktu malam hari harus dilakukan sesuai periodisitas mikrofilaria, agar mikrofilaria yang berada dalam sistim peredaran darah tepi dapat terdeteksi. Di samping itu kemampuan diagnostik cara konvensional berhubungan dengan tinggi rendahnya densitas mikrofilaria dalam darah, namun cara ini tidak dapat mendeteksi cacing dewasa.Dengan berkembangnya teknologi deoxyribonucleic acid (DNA), teknik polymerase chain reaction (PCR) dapat digunakan untuk mendeteksi adanya DNA B. malayi (dalam darah) dengan menggunakan sampel darah malam hari. Pada pelaksanaannya teknik tersebut juga terdapat kendala karena harus menggunakan sampel darah yang diambil malam hari.Penelitian ini bertujuan mengetahui apakah metode PCR dapat dilakukan untuk mendeteksi DNA parasit B. malayi menggunakan darah slang. Penelitian dilakukan terhadap 141 sampel darah penduduk Desa Rogo dan Desa Mahoni Propinsi Sulawesi Tengah, yang merupakan daerah endimis filaria B. malayi antropofilik dengan periodisitas nokturna.Sampel penelitian terdiri dari sampel darah yang diambil pada waktu malam dan siang hari. Sampel darah malam diperiksa dengan cara konvensional (membran filtrasi) dan cara PCR, sedangkan sampel darah slang diperiksa dengan cara PCR. Data diolah untuk mengukur kemaknaan, menggunakan uji McNemar serta dilakukan penilaian sensitivitas dan spesifisitas PCR terhadap cara membran filtrasi.Hasil penelitian terhadap 141 sampel darah malam menunjukkan bahwa cara konvensional (membran filtrasi) dapat mendeteksi sebanyak 48 sampel pengandung parasit B. malayi, sedangkan cara PCR menjadi 91 sampel. Pada perbandingan hasil pemeriksaan membran filtrasi darah malam dengan uji PCR darah siang, didapatkan cara PCR darah siang lebih sensitif dari cara membran filtrasi. Metode PCR darah siang dapat mendeteksi 87 sampel positif, dari 141 total sampel, sedangkan membran filtrasi hanya dapat mendeteksi 48 sampel positif B. malayi. Dengan uji X2 (McNemar) didapat (p = 0,0000) berbeda bermakna. Nilai sensitivitas PCR 100%, sedangkan nilai spesifisitas 58%.Hasil penelitian perbandingan uji PCR darah malam dengan uji PCR darah siang, tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna ( p = 0,2891). Hal tersebut disebabkan karena antara hasil uji PCR darah malam dan hasil uji PCR darah slang hanya terdapat selisih 4 sampel.

---

Many problems have encountered in assessing the presence of B. malayi parasite in blood based on conventional method. One reason is the reluctance of people to be bled according to the periodicity of microfilaria. Although the conventional technique is related to microflarial density, it could not be used to detect living adult worm without microfilariae in blood circulation.

The development of deoxyribonucleic acid (DNA) technology enables polymerase chain reaction (PCR) to detect DNA of B. malayi either from microfilaria or adult stage. Nevertheless, the problem of night blood collection was still unsolved. The same problem arouse due to night blood samples collection. The aim of this study is to know whether the PCR assay could be used to detect the DNA of nocturnally B. malayi during day time.

The study was carried out on 141 blood samples collected twice, at night and the next day from people of Rogo and Mahoni villages, Central Sulawesi, which are endemic for anthropophilic B. malayi with nocturnal periodic. Night blood samples were examined by conventional method (membrane filtration) as well as PCR assay whereas day blood samples were only processed by PCR.

The PCR assay in night blood samples could detect 91 positive samples contained B. malayi and the day time detected 87 samples out of the total samples. The conventional method could only detect 48 positive samples. McNemar analysis showed significantly difference between those two methods (p= 0,0000). The sensitivity of PCR assay in the day blood samples compared to membrane filtration was 100 % and the specificity was around 55 %. There was no significant difference shown between PCR results in night blood compared to day blood samples (p=0,2891).

It was concluded that the PCR assay in day time could replace the conventional method without considering the periodicity of microfilaria in blood."

"Rotavirus grup A merupakan penyebab utama penyakit diare pada bayi dan anak balita di seluruh dunia. Metode deteksi strain rotavirus yang cepat dan sensitif adalah dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat prevalensi infeksi rotavirus di Jakarta Utara dan menentukan hubungan data sebaran umur, jenis kelamin serta tingkat keparahan diare pasien terhadap proporsi strain rotavirus selama penelitian. Pada penelitian ini telah diperiksa 256 feses yang diambil pada bulan September 2005 sampai Januari 2006 dari anak-anak penderita diare akut di Jakarta Utara. Metode Enzyme Immunoassay (EIA) digunakan untuk skrining antigen VP6 pada feses, sebelum diteliti dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Ada 100 sampel feses yang mengandung antigen VP6 rotavirus grup A. Metode reverse transcription dan nested-multipleks PCR digunakan untuk mendeteksi gen VP7 (1.062 bp) dan VP4 (876 bp). Data prevalensi masing-masing serotipe P dan G dari pasien yang terinfeksi rotavirus di Jakarta Utara adalah: G1 9,3%; G2 9,3%; G3 2,1%; G9 6,2%;infeksi bersama G4 dan G9 47,4%; P[4] 12,4%; P[6] 12,4%, P[8] 32%; infeksi bersama P[6] dan P[8], 3,1%. Strain rotavirus yang paling banyak ditemukan adalah G4G9P[8] sebanyak 22,7% dan G4G9 dengan serotipe P yang tidak terdeteksi sebanyak 20,6%. Ada 8 sampel yang tidak berhasil dideteksi strainnya. Pada penelitian ini diketahui bahwa nilai tengah umur pasien strain rotavirus terdeteksi sama dengan nilai tengah umur pasien strain rotavirus tidak terdeteksi serta tidak ada perbedaan yang bermakna antara proporsi strain rotavirus terdeteksi dan strain rotavirus tidak terdeteksi berdasarkan jenis kelamin pasien dan tingkat keparahan diare pasien (p>0,05)."

"Infeksi Chlamydia trachomatis (CT) genital merupakan penyebab infeksi menular seksual (IMS) terbanyak baik di negara industri, maupun di negara berkembang. Prevalensi infeksi ini bervariasi bergantung pada faktor risiko, kelompok populasi yang diteliti, dan metode pemeriksaan yang digunakan. Penelitian meta-analisis di tahun 2005 melaporkan bahwa prevalensi infeksi CT berkisar antara 3,3% hingga 21,5%.5 Prevalensi infeksi CT pada wanita risiko tinggi meningkat 8 kali lipat dibandingkan dengan wanita risiko rendah. Penelitian tahun 2001 di Panti Sosial Karya Wanita (PSKW) Mufya Jaya mendapatkan angka kejadian infeksi CT adalah 31,1% dengan metode probe DNA PACE 2® dan 27,8% dengan metode enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) Chlamydiazime®. Data tahun 2004 hingga 2005 di PSKW Mulya Jaya berdasarkan peningkatan jumlah sel polimorfonuklear (PMN) tanpa ditemukan penyebab spesifik dengan pewarnaan gram, menunjukkan bahwa insidens infeksi genital nonspesifik sebesar 11,1%. Morbiditas dan komplikasi infeksi CT mempengaruhi kesehatan reproduksi wanita akan menimbulkan masalah ekonomi dan psikososial yang serius. Penyakit ini pada wanita dapat menimbulkan gejala uretritis, servisitis, dan penyakit radang panggul (PRP). Selanjutnya dapat terjadi nyeri panggul kronis, kehamilan ektopik, serta infertilitas. Di Amerika Serikat diperkirakan terdapat Iebih dari 4 juta kasus Baru infeksi CT setiap tahun dan akibatnya 50.000 wanita mengalami infertilitas. Bayi yang dilahirkan dari ibu yang terinfeksi CT dapat menderita konjungtivitis dan/atau pneumonia. Selain itu, infeksi CT juga meningkatkan risiko terkena infeksi human immunodeficiency virus (HIV) dan menderita kanker serviks.Umumnya infeksi CT bersifat asimtomatik pada 75-85% wanita dan pada 50-90% pria, sehingga penderita tidak mencari pengobatan. Individu terinfeksi CT yang asimtomatik merupakan sumber penuiaran di masyarakat, khususnya wanita penjaja seks (WPS) yang berganti-ganti pasangan seksual. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) merekomendasikan uji diagnostik infeksi CT terhadap semua wanita seksual aktif usia <20 tahun; wanita baik usia 20-24 tahun, maupun usia >24 tahun dengan salah satu faktor risiko sebagai berikut: tidak selalu menggunakan kondom, atau mempunyai pasangan seks baru, atau memiliki pasangan seks >1 selama 3 bulan terakhir; serta wanita hamil. Skrining CT pada kelompok wanita risiko tinggi efektif menurunkan insidens infeksi CT dan risiko terjadinya sekuele jangka panjang. Dengan demikian, diperLukan uji diagnostik untuk deteksi infeksi CT yang cepat dan sederhana, sehingga dapat diberikan pengobatan yang tepat serta efektif pada kunjungan pertama guna mencegah transmisi dan komplikasi penyakit lebih lanjut."