Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 107270 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Wahyuni
Pengembangan sistem purifikasi protein yang berbasis protease: Ekspresi protein fusi GST-protease Moloney Murine Leukemia Virus (MLV) pada Escherichia coli BL21
"Protein rekombinan yang difusikan ke suatu peptida tag dapat diimobilisasi pada matriks yang telah dilapisi substrat berafinitas dengan tag tersebut. Dalam proses purifikasi, protein tag kadang kala dipisahkan dari protein rekombinan. Pemisahan tag dapat dilakukan dengan menyisipkan sekuens pengenalan protease di antara tag dan protein rekombinan yang memungkinkan pemisahan tag dari protein rekombinan oleh restriksi enzim protease. Pads beberapa sistem purifikasi, protease yang telah difusikan dengan tag telah digunakan untuk memotong peptida tag, sehingga baik tag maupun protease yang memotong tag dan protein dapat dipisahkan dari protein rekombinan. Sistem tersebut sangat menguntungkan namun hanya protease PreScission (protease Human Rhinovirus) yang telah dikembangkan untuk sistem tersebut. Oleh karena itu, untuk memperoleh alternatif lain dari sistern tersebut. dilakukan konstruksi vektor pengekspresi protease MLV di dalam sistem ekspresi protein fus; tag GST. Gen protease MLV disisipkan di antara situs restriksi BamHI dan EcoRl pGEX-6P-l, di hilir ORF GST dan situs pengenalan protease PreScission. Penyisipan gen protease MLV di dalam plusmid rekombinan (pG6P I .Pro) dikonfirmasi dengan analisis perbaiidingan pola migrasi. pG6P 1.Pro yang dibandingkan dengan plasniid wild type (pGEX-6P-I) dal. identifikasi insert pada jel agarose setelah restriksi dengan BamHI-EcoRI. Kombinasi orientasi gen protease dalam pG6PI. Pro dengan analisis restriksi enzim Apal, dan BstEII. Konfirmasi akhir yang bersifat definitif dilakukan dengan sekuensing pO6Pl.Pro. Hasil analisis tersebut menunjukkan bahwa pG6P 1.Pro telah berhasil dikonstruksi dengan benar. namun dari basil ekspresi protein fusi GST-Protease MLV tidak mendapatkan protein fusi utuh (43,8 kDa). Mutasi 'pada N terminal protease tidak mempengaruhi ekspresi protein fusi GST-Protease MLV dan tetap tidak menghasilkan protein fusi yang utuh (44,8 kDa dan 43,97 kDa), Kegagalan ekspresi protein fusi tersebut mungkin disebabkan adanya peristiwa autokatalisis."
Depok: Universitas Indonesia, 2004
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wahyuni
Pengembangan system purifikasi protein yang berbasis protease : ekspresi protein fusi GST-protease moloney murine leukemia virus (MLV) pada escherichia coli BL21
"Protein rekombinan yang difusikan ke suatu peptida tag dapat dimobilisasi pada matriks yang telah dilapisi substrat berafinitas dengan tag tersebut. Dalam proses purifikasi, protein tag kadang kala dipisahkan dari protein rekombinan. Pemisahan tag dapat dilakukan dengar menyisipkan sekuens pengenalan protease di antara tag dan protein rekombinan yang memungkinkan pemisahan tag dari protein rekombinan oleh restriksi enzim protease. Pada beberapa sistem purifikasi, protease yang telah difusikan dengan tag telah digunakan untuk memotong peptida tag, sehingga baik tag maupun protease yang memotong tag dari protein dapat dipisahkan dari protein rekombinan. Sistem tersebut sangat menguntungkan namun hanya protease PreScission (protease Human Rhinovirus) yang telah dikembangkan untuk sistem tersebut. Oleh karena itu, untuk memperoleh alternalif lain dari sistem tersebut. dilakukan konstruksi vektor pengekspresi protease MLV di dalam sistem ekspresi protein fusi tag GST. Gen protease MLV disisipkan di antara situs restriksi BamHI dan EcoRl pGEX-6P-1, di hilir ORF GST dan situs pengenalan protease PreScission. Penyisipan gen protease MLV di dalam plasmid rekombinan (pG6PI.Pro) dikonfirmasi dengan analisis perbandingan pola migrasi pG6P1.Pro yang dibandingkan dengan plasmid wild type (pGEX-6P-1) dan identifikasi insert pada jel agarose setelah restriksi dengan BamHI-EcoRI. Konfirmasi orientasi gen protease dalam pG6P1.Pro dengan analisis restriksi enzim Apal, dan Bs:Ell. Konfirmasi akhir yang bersifat definitif dilakukan dengan sekuensing pG6PI.Pro. Hasil analisis tersebut menunjukkan bahwa pG6P 1.Pro telah berhasil dikonstruksi dengan benar. namun dari hasil ekspresi protein fusi GST-Protease MLV tidak mendapatkan protein fusi utuh (43,8 kDa). Mutasi pada N terminal protease tidak mempengaruhi ekspresi protein fusi GST-Protease MLV dan tetap tidak menghasilkan protein fusi yang utuh (44,8 kDa dan 43,97 1:Da). Kegagalan ekspresi protein fusi tersebut mungkin disebabkan adanya peristiwa autokatalisis."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2004
T13676
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ima Magisma
Ekspresi protein p53 pada escherichia coli bl21 codon plus = P53 protein expression in escherichia coli bl21 codon plus
"Selama ini pengobatan kanker serviks hanya menggunakan vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Pengembangan vaksin terapeutik yang bersifat kuratif perlu dilakukan untuk penderita yang berada dalam tahap terinfeksi HPV-16 pra-kanker dan kanker. Akan tetapi, efektifitas dan keamanan kandidat vaksin terapeutik perlu diuji terlebih dahulu dengan uji interaksi onkoprotein E6 dengan protein penekan tumor p53. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah melakukan ekspresi protein p53. Protein p53 merupakan salah satu komponen sistem pendeteksi interaksi antigen E6 dengan p53. Ekspresi p53 menggunakan sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE-80L_p53 mampu mengekspresikan protein p53 di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 54 KDa. Hasil western blotting menunjukkan sebuah pita berukuran 54 KDa yang sesuai dengan berat protein p53.
Over the last few years, cervix medication depends only on prophylactic vaccination. The development of therapeutic vaccination needs to be improved in order to treat HPV 16 infected patients. However, vaccines safety needs to be tested by examining interaction between E6 oncoprotein and p53 tumour suppressor protein. Therefore, p53 protein needs to be expressed as one of the system components. pQE 80L recombinant plasmid is capable to express p53 6xhis tagged using E. coli BL21 Codon Plus as a cell host. Western blot result showed that 4 hours of 1 mM IPTG induction produced a single band with the size of 54 kDa."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eny Mahfudhoh
Optimasi ekspresi protein apobec3g dalam sistem ekspresi escherichia coli bl21 codonplus de3 = Protein expression optimization of apobec3g in escherichia coli bl21 codonplus de3
"Protein APOBEC3G merupakan salah satu protein intrinsik sel imun manusia yang memiliki kemampuan antiretroviral terhadap infeksi HIV-1. Protein Vif HIV-1 dapat merangsang degradasi APOBEC3G sehingga penghambatan interaksi antara kedua protein tersebut melalui inhibitor berpotensi digunakan dalam pengembangan antiretroviral baru. Pengembangan antiretroviral baru melalui interaksi antara protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 memerlukan protein rekombinan APOBEC3G. Protein APOBEC3G diperoleh dengan cara melakukan ekspresi gen APOBEC3G yang telah dikloning ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi protein APOBEC3G dilakukan dalam sistem ekspresi prokariota yaitu bakteri Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Ekspresi protein dilakukan pada tiga kondisi optimasi yaitu suhu, konsentrasi IPTG dan waktu inkubasi setelah induksi. Berdasarkan penelitian, APOBEC3G berukuran 43,08 kDa dapat diekspresikan paling optimal pada induksi IPTG 0,5 mM pada suhu 37oC waktu inkubasi 4 jam setelah induksi.
APOBEC3G is one of intrinsic protein in human immune system. It has an antiretroviral ability against HIV-1 infection. However, HIV-1 has Vif protein which stimulate degradation of APOBEC3G. Therefore, inhibition of interaction between both proteins by an inhibitor is potentially used in development of new antiretroviral agents. The development of new antiretroviral using interaction of APOBEC3G and Vif HIV-1 needs recombinant protein of APOBEC3G. This APOBEC3G recombinant protein can be produced by expression of APOBEC3G gene cloned into pQE-80L expression vector in prokaryotic system of Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Protein expression conducted in three optimization condition: themperature, IPTG concentration, and incubation time after induction. Based on this research, APOBEC3G which has 43,08 kDa molecular weight is expressed optimally in 0,5 mM IPTG induction at 37oC and incubation time 4 hours after induction."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2015
S61803
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Adela Novisa Charaswati
Uji ekspresi protein rekombinan jembrana transmembrane (JTM-pGEX) pada berbagai tingkat kepadatan sel Escherichia coli BL21
"Penyakit Jembrana adalah penyakit viral akut yang hanya menyerang sapi Bali (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) merupakan salah satu protein viral yang dapat digunakan sebagai bahan pembuatan vaksin Jembrana. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan nilai optimum kepadatan sel Escherichia coli BL21 terhadap ekspresi protein rekombinan JTM pGEX. Re-transformasi dilakukan untuk mendapatkan transforman baru yang memiliki plasmid yang masih aktif. Hasil re-transformasi diperoleh dua koloni transforman. Ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX dilakukan dengan menggunakan induksi IPTG 100 mM pada nilai OD600 0,4; 0,6; dan 0,8. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX paling tinggi didapatkan pada nilai OD600 = 0,6 (hasil refolding) dan OD600 = 0,4 (hasil solubilisasi).
Jembrana disease is an acute viral disease in Bali cattle (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) is one of viral protein which can be utilized as a material for Jembrana vaccine. The aim of the research was to determine the best value of Escherichia coli BL21 optical density in order to get optimal expression of recombinant protein JTM-pGEX. Re-transformasion was conducted to get new transformant which have an active DNA plasmid. The result showed two transformant colonies of Escherichia coli BL21. Expression of recombinant protein JTM-pGEX was carried out using induction IPTG 100 mM in OD600 0.4; 0.6; and 0.8. The result revealed that the best value of OD600=0.6 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after refolding while OD600 0.4 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after solubilization."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2011
S1256
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Ekspresi gen pool pengkode teverse transcriptase tanpa RNase H MURINE LEUKIMIA VIRUS dalam escherichia coli BL21
"Gen pol murine leukemia virus adalah gen pengkode enzim reverse transcriptase (RT) yang berfungsi untuk mentranskripsi balik genom RNA virus menjadi DNA. Enzim RT banyak digunakan sebagai komponen dalam RT-PCR untuk mensintesis cDNA dari RNA. Penelitian bertujuan mengekspresikan gen pol MLV dan mengetahui fungsi enzim RT yang dihasilkan. Gen pol MLV dalam penelitian sebelumnya, telah dikonstruksi tidak memiliki sekuen pengkode asam amino RNase H dan berhasil ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21. Eskpresi gen pol dilakukan menggunakan induksi IPTG 0,3 mM. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen pol MLV telah berhasil diekspresikan dan menghasilkan enzim RT tanpa RNase H dengan berat molekul ~58 kDa. Enzim RT selanjutnya dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA dan dilakukan pengujian fungsi enzim tersebut dengan RT-PCR. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim RT dalam penelitian terbukti dapat berfungsi mensintesis cDNA menggunakan cetakan RNA pada proses RT-PCR."
Universitas Indonesia, 2010
S31628
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mega Larasati Adnan
Ekspresi dan Purifikasi Poliprotein Gag Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) Subtipe CRF01_AE dalam Escherichia coli BL21 dan Escherichia coli BL21-CodonPlus (CP)
"Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) merupakan penyakit akibat infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang memiliki jumlah penderita tinggi di Indonesia. Salah satu upaya untuk mencegah bertambahnya jumlah penderita AIDS tersebut ialah dengan penggunaan vaksin. Poliprotein Gag merupakan protein penyusun struktur internal HIV yang dapat digunakan sebagai vaksin karena dapat menginduksi respon imun tubuh. Penelitian telah dilakukan untuk mengekspresikan poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE yang telah diinsersi ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi poliprotein tersebut dilakukan di dalam bakteri Escherichia coli BL21 dan E. coli BL21-CodonPlus (CP) dengan induksi Isoprophyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG). Pendeteksian poliprotein Gag hasil ekspresi dilakukan dengan metode Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Setelah poliprotein berhasil dideteksi, poliprotein Gag kemudian dipurifikasi dengan menggunakan metode kromatografi afinitas Ni2+-NTA di bawah kondisi native. Poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dapat diekspresikan dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP dengan berat molekul sebesar 55,3 kDa.
Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) is a disease caused by infection of Human Immunodeficiency Virus (HIV) which has a high number of people in Indonesia. One of the efforts to prevent the increasing number of AIDS patients is the use of vaccine. Gag polyprotein is a constituent protein of HIV internal structure that can be used as a vaccine because it can induce immune response of the body. Research has been conducted to express the Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE that have been cloned into the pQE-80L expression vector. Polyprotein expression was carried out in Escherichia coli BL21 and E. coli BL21-CodonPlus (CP) with Isoprophyl-β-Dthiogalactopyranoside (IPTG) induction. Detection of Gag polyprotein was performed by Polyacrilamide Sodium Dodecyl Sulphate Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) method. After successfully detected, Gag polyprotein then purified using Ni2+-NTA affinity chromatography under native condition. Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE can be expressed in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP with molecular weight is 55,3 kDa."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2015
S62317
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Namira Wandafiana
Expression of HIV-1 Recombinant Protein gp-41 in plasmid pQE80L of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Protein Rekombinan HIV-1 gp-41 menggunakan Plasmid pQE80L pada Escherichia coli untuk pengembangan sistem diagnostik HIV-1
"Latar Belakang: gp41 adalah transmembran glikoprotein yang memiliki peran penting dalam fusi dan masuknya Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). Keterlibatan protein transmembrane gp41 sangatlah krusial di seluruh fase awal penularan mukosa HIV-1; maka keberadaan protein ini penting untuk skrining dan diagnosis HIV-1. Protein transmembran gp41 dapat dimanfaatkan sebagai alat diagnostik HIV-1 melalui uji deteksi antibodi yang meliputi, Rapid Diagnostic Test, ELISA, dan Western Blot (WB). Namun, meskipun terdaftar sebagai salah satu protein HIV-1 yang memiliki banyak manfaat, studi mengenai ekspresi dan optimalisasi protein transmembran gp41 masih kurang diteliti. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh pengetahuan mengenai kondisi optimal untuk mengekspresikan protein transmembran gp41 pada Escherichia coli (E. coli) PQE80L untuk pengembangan uji diagnostik HIV-1.
Metode: Penelitian ini menggunakan bagian imunodominan dari protein transmembrane gp41 (gp41-IDR). Protein gp41-IDR kemudian diekspresikan dalam sistem ekspresi E. coli dan dioptimalkan pada berbagai variabel, yaitu media kultur, konsentrasi penginduksi dan waktu induksi. Hasil yang diperoleh dari SDS-PAGE 20% didokumentasikan oleh ImageQuant Las 4000, sedangkan kuantisasi dan analisa protein gp41-IDR dilakukan di Image Lab 6.1. Software for Mac.
Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein gp41-IDR lebih maksimal jika diekspresikan pada medium Terrific Broth (TB) dibandingkan dengan dua media kaya nutrisi lainnya, yaitu Luria Bertani (LB) dan 2x Yeast Extract-Tryptone (2x YT). Di antara lima konsentrasi Isopropil-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) yang diuji, induksi oleh 1 mM IPTG menunjukkan hasil protein tertinggi jika dibandingkan dengan konsentrasi IPTG lainnya. Apabila dibandingkan dengan protein yang diinduksi selama 6 jam dan semalam, induksi protein gp41-IDR rekombinan selama 3 jam menunjukkan hasil protein tertinggi.
Kesimpulan: Protein rekombinan gp41-IDR HIV-1 berhasil diekspresikan pada Escherichia coli (E. coli), dengan PQE80L sebagai vektor ekspresi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa protein rekombinan gp41-IDR dari HIV-1 Subtipe CFR01_AE diekspresikan secara optimal pada medium Terrific Broth (TB), dengan 1 mM IPTG selama 3 jam.
Background: gp41 is a viral transmembrane glycoprotein that plays a significant role in the fusion and entry of Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). The involvement of gp41 transmembrane protein is pivotal throughout the early phases of HIV-1 mucosal transmission; hence the presence of this protein is important for HIV-1 screening and diagnosis. gp41 transmembrane protein can be utilized as an HIV-1 diagnostic tool through antibody detection tests, namely Rapid Diagnostic Test, ELISA, and Western Blot (WB). However, despite being listed as one of the most valuable HIV-1 proteins, research regarding the expression and optimization of gp41 transmembrane protein is likely underreported. Therefore, this research aims to obtain knowledge regarding the optimal condition to express gp41 transmembrane protein in Escherichia coli (E. coli) PQE80L for the development of HIV-1 diagnostic test.
Methods: The immunodominant region of gp41 transmembrane protein (gp41-IDR) was used in this study. gp41-IDR protein was expressed in E. coli expression system and optimized under varying variables, namely culture medium, inducer concentration and induction time. The results obtained from SDS-PAGE 20% were documented by ImageQuant Las 4000, while quantitation and analysis of the gp41-IDR protein was done in Image Lab 6.1. Software for Mac.
Results: The results indicated that the gp41-IDR protein yield was maximized when expressed in Terrific Broth (TB) Medium as compared to other two nutrient-rich media, namely Luria Bertani (LB) and 2x Yeast Extract-Tryptone(2x YT). Among the five Isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentrations tested, induction by 1 mM of IPTG showed the highest protein yield when compared to the other IPTG concentrations. In comparison to those induced for 6 hours and overnight, induction of recombinant gp41-IDR protein for 3 hours offered the highest protein yields.
Conclusion: To conclude, recombinant gp41-IDR HIV-1 protein was successfully expressed in the Escherichia coli (E. coli) host system, with PQE80L as expression vector. Findings from this study indicate that gp41-IDR recombinant protein from HIV-1 Subtype CFR01_AE is optimally expressed in Terrific Broth (TB) Medium, with 1 mM of IPTG for 3 hours."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Made Ayu Gitagayatri
Expression of HIV-1 Recombinant Protein Pol ID2 in pQE-80L Plasmid of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Rekombinan Protein HIV-1 POL ID2 Menggunakan Plasmid pQE-80L pada Escherichia coli untuk Pengembangan Sistem Diagnostic HIV-1
"Protein pol termasuk dalam tiga gen signifikan yang mengkode protein struktural HIV-1. Namun, sebagian besar tes diagnostik HIV hanya melibatkan dua produk HIV yang signifikan yaitu, protein Env atau Gag, yang berarti bahwa sebagian besar tes diagnosa HIV dilakukan atau dikembangkan menggunakan antigen yang sama. Hal ini pada akhirnya dapat menghasilkan hasil positif palsu yang berulang jika ada antibodi yang bereaksi silang karena sebagian besar tes disiapkan hanya dengan antigen umum yang sama. Solusi untuk masalah ini adalah mengembangkan uji diagnostik alternatif yang berbeda menggunakan antigen utama lain, seperti protein Pol. Salah satu produk protein Pol, enzim Integrase, termasuk dalam salah satu protein imunogenik HIV, yang berarti dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas tes diagnostik HIV. Menggunakan protein Pol Immunodominant 2 (Pol ID2), sebuah protein yang terdiri dari Integrase dan RNAse H, yang sudah dikembangkan sebelumnya menggunakan subtipe HIV-1 yang paling menonjol di Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan pengetahuan tentang kondisi optimal untuk mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dalam plasmid pQE-80L Escherichia coli (E. coli) dengan harapan dapat berkontribusi terhadap pengembangan dan peningkatan kemandirian tes diagnostik HIV-1 di Indonesia.
Metode: Penelitian ini dilakukan menggunakan metode desain studi eksperimental analitik. Dalam penelitian ini, protein rekombinan Pol Immunodominant 2 (ID2) dalam plasmid pQE-80L E. coli diekspresikan pada beberapa variabel media kultur, konsentrasi penginduksi, dan waktu induksi. Kultur ekspresi divisualisasikan menggunakan elektroforesis SDS PAGE dan didokumentasikan menggunakan mesin ImageQuant Las 4000. Meskipun tidak ada analisis statistik yang dilakukan, software analisis gel Image Lab 6.1 digunakan untuk menganalisis, mengukur, dan mendapatkan rasio kuantitas absolut dari konsentrasi protein pada setiap variabel.
Hasil: Protein rekombinan Pol ID2 yang diperoleh dari HIV-1 subtipe CFR01_AE dapat diekspresikan secara optimal menggunakan media Terrific Broth dengan menggunakan 1mM Isopropil- beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) selama 3 jam induksi.
Kesimpulan: Dapat disimpulkan bahwa plasmid pQE80L-Pol ID2 yang sebelumnya sudah dikembangkan di laboratorium PRVKP FKUI-RSCM dapat mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dari HIV-1 subtipe CFR01_AR yang dikembangkan di bawah laboratorium yang sama. Protein dapat diekspresikan secara optimal dalam media kultur Terrific Broth menggunakan IPTG 1mM selama 3 jam induksi pada suhu 37oC.
Background: Pol protein is included in the three significant genes that encode a structural protein of HIV-1. However, most HIV diagnostic tests involve only the two significant HIV products, Env or Gag protein, which means that most manufacturers use the same antigen sequence to develop these tests. This may eventually result in repetitive false-positive results if there is any cross-reacting antibody since the test is prepared only with the same common antigens. A solution to this problem is developing a different alternative diagnostic assay using a different major antigen such as Pol genes. One of the Pol gene products, viral enzyme integrase, is included in one of the immunogenic proteins of HIV, meaning that it may be used to improve the specificity of HIV diagnostic assays. Using a previously generated Pol Immunodominant 2 (Pol ID2) protein, comprised of Integrase and RNAseH, obtained from the most prominent HIV-1 subtype in Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), this research aims to gain knowledge regarding the optimal conditions to express Pol ID2 recombinant protein in pQE-80L plasmid of Escherichia coli (E. coli) in hopes to contribute towards the development and self-reliance of HIV-1 diagnostic tests in Indonesia. Experimental, analytical study design was used for this research. The Recombinant Pol Immunodominant 2 (ID2) protein in the pQE-80L plasmid of E. coli was expressed under several variables of culture media, inducer concentration, and induction time. The expression culture was visualized using SDS PAGE and documented using ImageQuant Las 4000 machine. Although no statistical analysis was done, Image Lab 6.1 gel analysis software was used to analyze, quantify, and obtain the absolute quantity ratio of protein concentration of each variable.
Result: Pol ID2 recombinant protein obtained from HIV-1 subtype CFR01_AE are optimally expressed using Terrific Broth media using 1mM Isopropyl-beta-D-hiogalactopyranoside (IPTG) for 3 hours of induction.
Conclusion: It could be concluded that pQE80L-Pol ID2 plasmid previously developed in IHVCB FMUI-RSCM Laboratory can express Pol ID2 recombinant protein from HIV-1 subtype CFR01_AR that is constructed under the same laboratory. The protein expression is optimized in Terrific Broth culture media using 1mM IPTG inducer for 3 hours of induction in 37oC."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Kloning gen NS-1 virus Dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 STAR™(DE3)
"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue
pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3)
telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong
selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan
primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk
PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim
BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi
pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli
BL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni
yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti
dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil
sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer
spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3
mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada
GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71
(accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor
pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan."
Universitas Indonesia, 2008
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>