Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"A total of 43 escherichia coli isolates were identifield from school street foods in Northern and Southern Jakarta....."

"ABSTRACTLatar Belakang: Organisme yang memproduksi ESBL merupakan masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Salah satu organisme yang paling sering yang menghasilkan ESBL yaitu Escherichia coli E.coli . Bakteri yang memproduksi ESBL lebih resisten terhadap antibiotik dan mengakibatkan infeksi menjadi lebih sulit untuk diobati. Di Indonesia, tidak banyak data yang memadai mengenai prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL, terutama di Jakarta.Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memberikan laporan terkini tentang munculnya E. coli yang memproduksi ESBL di Indonesia.Metode: Isolat E. coli diambil dari berbagai sampel klinis pasien yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Universitas Indonesia pada tahun 2009-2014. Jenis data isolat yang digunakan berupa data sekunder mengenai kerentanan E. coli terhadap beberapa antimikroba. Data dianalisis menggunakan SPSS versi 20 untuk melihat kemungkinan terdapatnya kenaikan atau penurunan prevalensi E. coli penghasil ESBL yang terjadi secara signifikan.Hasil: Dari total 471 isolat E. coli, 56 11.9 merupakan E. coli penghasil ESBL. Prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL menunjukkan kecenderungan menurun setiap tahun dari tahun 2009 sampai 2014, kecuali tahun 2012-2014, terdapat sedikit peningkatan. Namun secara statistik, penurunan atau kenaikan prevalensi tersebut, secara statistik tidak bermakna dengan p>0.05. Prevalensi E.coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014 berturut-turut 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , dan 8 .Kesimpulan:Terjadi penurunan prevalensi Escherichia coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014, namun hasilnya tidak signifikan secara statistik. Kata kunci: E. coli, Extended-spectrum beta-lactamases, Indonesia.

---

ABSTRACTBackground ESBL producing organism has been a public health concern in the entire world. One of the most prevalent organisms that produce ESBL is Escherichia coli E.coli . The production of ESBL has made bacteria to be more resistant to antibiotics and therefore make infections harder to treat. In Indonesia, there is not many adequate data regarding prevalence of ESBL producing E. coli, especially in Jakarta. The aim of this research is to provide an updated report about the emergence of ESBL producing E. coli in Indonesia.Method E. coli isolates are obtained from many clinical samples of patients obtained from Clinical Microbiology Laboratory, Universitas Indonesia from 2009 2014. The isolates data was obtained as a secondary data that has been tested for its antimicrobial susceptibility. The data was analyzed using SPSS version 20 to see whether the increase or decrease was statistically significant.Results From a total of 471 E. coli isolates, 56 11.9 are identified as ESBL producing E. coli. The prevalence of positive ESBL producing E. coli decreased each year from 2009 to 2014, except for 2012 to 2014 where there is a slight increase. However, the decrease or increase of the prevalence was not statistically different p 0,05 . This p value illustrated that the change in prevalence was not significant from year to year. The prevalence of ESBL producing E. colifrom 2009 to 2014 was 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , and 8 respectively.Conclusion There has been a decrease in the prevalence of ESBL producing Escherichia coli from 2009 2014. However, the result is statistically insignificant. "

"Latar Belakang: E.coli O157:H7 merupakan salah satu bakteri foodborne disease yang menyebabkan tingkat morbiditas dan mortalitas yang sangat tinggi pada manusia. Reservoar utama bakteri adalah ternak sapi. Beberapa metode telah digunakan untuk mendeteksi keberadaan E.coli O157:H7 di Indonesia namun belum ada metode identifikasi spesifik yang sekaligus dapat dimanfaatkan sebagai bahan alami dalam pengendalian E.coli O157:H7. Bakteriofaga faga adalah virus yang menginfeksi secara spesifik dan mampu melisiskan bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mencari faga isolat Indonesia yang akan dimanfaatkan untuk identifikasi yang spesifik terhadap E.coli O157:H7.Metode: Sebanyak 60 isolat lokal E.coli O157:H7 yang telah dikarakterisasi secara biokemik, serologik antiserum hiperimun dan komersial dan molekuler Multiplex-PCR digunakan pada penelitian ini. Sampel untuk isolasi faga diambil dari air sungai, air sumur, limbah Rumah Potong Ayam, feses sapi, limbah dan air di peternakan sapi di wilayah Yogyakarta, Bogor, Cianjur dan Bandung. Isolat faga diuji spesifisitasnya terhadap E.coli O157:H7 dan dikarakterisasi secara molekuler PCR dan sekuensing dan pengamatan morfologi dengan Transsmission Electron Microscope. Faga yang spesifik terhadap E.coli O157:H7 digunakan untuk phagetyping terhadap 60 isolat lokal E.coli O157:H7.Hasil: Penelitian tampak bahwa isolat lokal E.coli O157:H7 mempunyai sifat biokemik yang bervariasi yaitu 3,33 2/60 bersifat tipikal SOR-,GUD- dan 96,67 mempunyai variasi fenotipik SOR-,GUD dan SOR ,GUD . Hasil serotyping dengan antiserum hiperimun tampak 100 bereaksi positif aglutinasi sedang dengan antiserum komersial latex O157 hanya isolat yang bersifat SOR- yang menunjukkan reaksi positif 31,67 . Semua isolat lokal E.coli O157:H7 tampak mempunyai gen spesifik penyandi faktor virulensi yaitu rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 dan stx 2 Shiga toxin 2 . Sebanyak 22 faga telah diisolasi dari 187 sampel dan diperoleh 10 isolat yang bersifat spesifik terhadap E.coli O157:H7. Selanjutnya dibedakan ke dalam 3 tipe yaitu T4, HK dan Lambda. FagaT4 adalah famili Myoviridae, faga HK dan Lambda adalah famili Siphoviridae. Faga T4 isolat Indonesia paling banyak mengidentifikasi isolat lokal E.coli O157:H7 yaitu 56,67 34/60 , faga HK mengidentifikasi 8.33 5/60 isolat lokal E.coli O157:H7 dan faga lambda hanya mengidentifikasi 3.33 2/60 isolat lokal E.coli O157:H7.Kesimpulan: Faga isolat lokal Indonesia T4, HK dan Lambda dapat digunakan untuk mengindentifikasi isolat E.coli O157:H7 asal Indonesia.

---

Background E. coli O157 H7 is one of foodborne disease bacteria which causes the high morbidity and mortality in humans. The main reservoir of this bacterial strain is cattle. Several methods have been used to detect the existence of E. coli O157 H7 in Indonesia but there is no specific identification method that can also be used as a natural agent to control E. coli O157 H7. Bacteriophage phage is a virus which infects specifically and is able to lyse bacteria. This study aimed to explore the Indonesian phage isolates which would be used for the specific identification of E. coli O157 H7.Method Sixty local isolates of E. coli O157 H7 characterized through biochemical, serological hyper immune antiserum and commercial and molecular Multiplex PCR method were used in this study. Samples for the phage isolation were retrieved from water in the river, water in the well, chicken slaughter house waste, cow feces, waste and water at cattle farms in Yogyakarta, Bogor, Cianjur and Bandung. Phage isolates were tested their specificity to E. coli O157 H7 and characterized by molecular method PCR and sequencing and morphological observation with Transmission Electron Microscope. Specific phages to E. coli O157 H7 were used for phage typing on 60 local isolates of E. coli O157 H7.Results This study showed that local isolates of E. coli O157 H7 had varied biochemical characteristics 3.33 2 60 were typical SOR , GUD and 96.67 had phenotypic variations SOR , GUD and SOR , GUD.Results of serotyping with hyper immune antiserum 100 reacted as positive agglutination, while with O157 commercial latex antiserum, only isolates having SOR characteristic showed positive reaction 31.67 . All local isolates of E. coli O157 H7 had specific virulence factor encoding genes namely rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 and stx 2 Shiga toxin 2 . Twenty two phages were isolated from 187 samples and obtained 10 isolates that specifically characterize to E. coli O157 H7. Further distinguished into three types T4, HK and Lambda. The T4 phage was family Myoviridae, HK and Lambda phage were family Siphoviridae. Indonesian isolates of T4 phage identified local isolates of E. coli O157 H7 at the highest percentage that was 56.67 34 60 , HK phage identified 8.33 5 60 local isolates of E. coli O157 H7 and lambda phage only identified 3.33 2 60 local isolates of E. coli O157 H7.Conclusion Phages of Indonesian local isolates T4, HK and Lambda could be used to identify E. coli O157 H7 isolates from Indonesia."

"ABSTRAKPada penelitian ini dilakukan proses disinfeksi bakteri Escherihia coli(E.coli) menggunakan metode kavitasi hidrodinamika dengan menggunakan duajenis kontaktor yang berbeda yaitu orifice plate dan injektor venturi. Dari keduaperlakukan berbeda ini didapatkan hasil bahwa orifice plate dengan konsentrasiawal 104 CFU/mL mengalami penurunan menjadi 0 CFU/mL dalam waktu 20menit, dan pada injektor venturi dari konsentrasi awal 104 CFU/mL mengalamipenurunan menjadi 0 CFU/mL dalam waktu 30 menit. Disimpulkan bahwa orificeplate dapat mendisinfeksi E.coli dengan lebih efektif dan lebih cepatdibandingkan dengan injektor venturi. Metode disinfeksi ini layak dan berpotensiuntuk dikembangkan ke dalam skala yang lebih besar karena biayanya yangmurah dan hasilnya yang effisien."

"Penelitian bertujuan menguji kemampuan aktivitas antibakteri dari partikel nano ZnO terhadap Escherichia coli NBRC 3301. Aktivitas antibakteri dievaluasi dengan cara menentukan konsentrasi minimum bakterisidal, menentukan laju sintas, dan mengukur serta mengamati dampak aktivitas yang diakibatkan oleh partikel nano ZnO. Konsentrasi minimun bakterisidal partikel nano ZnO terhadap E. coli NBRC 3301 adalah 0,2%. Aktivitas antibakteri meningkat seiring meningkatnya lama paparan. Setelah terpapar selama 20 jam, sel mengalami penurunan jumlah hingga 103 CFU/ml dan mengalami kematian 100% pada jam ke-24. Dampak aktivitas tersebut ditandai dengan meningkatnya kadar asam nukleat dan terjadinya perbedaan komposisi total protein pada medium pertumbuhan berdasarkan perbedaan pola spektrogram dan kromatogram. Meskipun pengamatan perubahan morfologi sel menggunakan SEM tidak berhasil, hasil-hasil tersebut memperkuat kemungkinan bahwa partikel nano ZnO menyebabkan kerusakan membran sel sehingga terjadi kebocoran sitoplasma yang berakibat pada kematian sel.

---

This present work examines antibacterial activity of ZnO Nanoparticles (NPs) against Escher ichia coli NBRC 3301. Antibacterial activity was evaluated by determining the minimum bactericidal concentration (MBC) and measuring death rate. The impacts of the activity of ZnO NPs were also measured and observed. The MBC was determined to be 0.2%. The antibacterial activity increased with increasing exposure time. Bacteria cell number was reduced until 103 CFU/ml after exposure to 0.2% of ZnO NPs for 20 hours. 100% of total cell death was observed after 24 hours application of ZnO NPs. The impact of ZnO NPs on cells was indicated by increase in the amount of nucleic acid and change in total protein composition in growth medium based on the pattern differences of spectrogram and chromatogram. Despite morphological changes was not well observed by SEM image, the results reveal that ZnO NPs could damage cell membrane and lead to leakage of cytoplasm which is kill bacterial cells."

"Penelitian ini bertujuan untuk menguji kinerja kombinasi metode ozonasi dan kavitasi hidrodinamika dengan pelat berlubang dalam proses desinfeksi bakteri E.coli. Pada penelitian ini, dilakukan variasi dosis ozon, laju alir sirkulasi, dan metode disinfeksi. Ozon diproduksi menggunakan ozonator komersial dengan dosis ozon 64,83 mg/jam, 108,18 mg/jam, dan 135,04 mg/jam sementara kavitasi dibangkitkan menggunakan pelat berlubang. Metode desinfeksi yang akan divariasikan pada percobaan ini adalah: kavitasi hidrodinamika, ozonasi, dan gabungan keduanya. Hasil terbaik pada masing-masing metode didapatkan pada menit ke-60 dan laju alir sirkulasi 7 L/menit.Metode gabungan kavitasi dan ozonasi mampu mendesinfeksi hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,10 x 105 CFU/mL. Metode ozonasi tunggal mampu mendesinfeksi bakteri E.coli hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 1,32 x 105 CFU/mL selama 60 menit. Metode kavitasi hidrodinamik memberikan hasil penyisihan paling sedikit, yaitu 5,20 x 104 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,17 x 105 CFU/mL. Disimpulkan bahwa metode kombinasi menghasilkan desinfeksi bakteri E.coli yang lebih cepat dan lebih baik dibandingkan metode tunggalnya.

---

This research aims to evaluate the performance of hybrid method of ozonation and hydrodynamic cavitation with orifice plate on E.coli bacteria disinfection. Ozone dose, circulation flowrate, and disinfection method were varied. Ozone was produced by commercial ozonators with ozone dose of 64,83 mg hour, 108,18 mg hour, and 135,04 mg hour. Meanwhile, hydrodynamic cavitation was generated using an orifice plate. The disinfection methods compared in this research are hydrodynamic cavitation, ozonation, and the combination of both. The best result on each method was achieved on the 60th minutes and with a circulation flowrate of 7 L min.

The hybrid method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 2,10 x 105 CFU mL. The ozonation method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 1,32 x 105 CFU mL. Cavitation method gives the least elimination with final concentration of 5,20 x 104 CFU mL from the initial concentration of 2,17 x 105 CFU mL. In conclusion, hybrid method gives a faster and better disinfection of E.coli than each method on its own."

"Escherichia coli (E.coli) merupakan bakteri yang paling sering menyebabkan diare. Kemampuan hidup E.coli sangat mudah dipengaruhi oleh berbagai rangsangan. Akan tetapi, rangsangan bunyi, terutama dalam rentang audiosonik (20-20.000Hz), belum banyak diteliti. Peneliti menduga bahwa efek dari pemaparan frekuensi bunyi audiosonik secara berseling akan menstimulasi viabilitas Escherichia coli. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan menggunakan sonikator sebagai sumber bunyi. Frekuensi yang digunakan adalah 7 kHz dan 17 kHz selama 10 detik. Setelah itu, jumlah koloni E.coli dihitung dengan metode total plate count setelah sediaan diinkubasi. Untuk menjamin validitas, tiap perlakuan dilakukan dua kali. Penghitungan bakteri dilakukan dengan menggunakan colony counter. Jumlah E.coli yang dihitung adalah E.coli pada pengenceran dengan jumlah 30-300 koloni. Terjadi penurunan viabilitas pada pemaparan frekuensi bunyi dalam rentang audiosonik secara berseling. Penurunan viabilitas tersebut lebih besar pada frekuensi 7 KHz daripada 17 KHz. Rata-rata jumlah E.coli pada kontrol dan pajanan frekuensi 7 kHz dan 17 kHz berturut-turut sebesar 2,84 x 109 koloni, 4,05 x 107 koloni, dan 5,05 x 108 koloni. Jika dibandingkan dengan kontrol, terdapat perbedaan bermakna pada setiap perlakuan [7 kHz (p=0.032); 17 kHz (p=0.023)] dengan uji T berpasangan. Frekuensi bunyi dalam rentang audiosonik secara berseling menurunkan viabilitas E.coli . Penurunan viabilitas lebih besar dialami oleh bakteri pada pajanan dengan frekuensi 7kHz daripada 17 kHz. Dapat disimpulkan bahwa, suara dalam rentang audiosonik secara berseling dapat menurunkan viablitas E.coli.

---

Escherichia coli is one of the most common bacteria causing diarrhea. Its life is easily influenced by physical and chemical stimulation. However, sound stimulation, especially in audiosonic range (20-20.000 Hz) alternately, have not been explored much. Researcher hypotesized that it would stimulate E.coli growth. This research is categorized as experimental research by using sonication tools as the sound source. Researcher used frequency on 7 and 17 KHz for 10 seconds By total plate count, the media contain colony of E.coli would be counted for analysis. In order to guarantee the validity, each action would be done twice.

Counting would be done only those diluted preparation with 30-300 colonies. E.coli got its viability decreased by audible frequency sound alternately. Average of the E.coli count in control, 7 kHz, and 17 kHz is respectively 2,84 x 109 ; 4,05 x 107; and 5,05 x 108 colonies. Relation between each intervention and control are significant [7 kHz (p=0.032); 17 kHz (p=0.023)] by paired T-test. Audible sound frequency which is given alternately against E.coli would decrease E.coli viability. Its decreasing effect is greater in 7kHz stimulation than 17 kHz. In conclusion, sound in audiosonic range, alternately, may decrease E.coli viability. "

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."