Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Severe acute respiratory syndrome (SARS) adalah penyakit infeksi virus yang baru muncul di awal tahun 2003. Menurut WHO, kasus "suspek" SARS adalah mereka yang suspect bila menderita panas > 38 C ditambah adanya gejala respiratorik, baik berupa batuk, atau sesak napas, atau kesulitan bernapas, dengan riwayat kunjungan/tinggal ke affected area, atau ada kontak erat dengan penderita SARS. Selain itu, mereka yang meninggal karena penyakit infeksi respiratorik setelah 1 November 2002 tanpa sebab yang jelas dan padanya tidak dilakukan otopsi dengan riwayat kunjungan / tinggal di affected area, atau ada kontak erat dengan penderita SARS. Sementara kasus “probable” SARS adalah kasus suspect yang pada gambaran radiologik menunjukkan adanya infiltrat yang konsisten dengan gambaran pneumonia atau respiratory disstress syndrome (RDS), atau kasus suspect yang pemeriksaan virologiknya menemukan virus SARS, atau kasus suspect yang meninggal tanpa sebab yang jelas yang gambaran otopsinya konsisten dengan gambaran patologi SARS. Pada tulisan ini juga disampaikan beberapa data epidemiologik SARS di Indonesia, di mana antara periode 1 Maret sampai 9 Juli 2003 tercatat 2 kasus probable dan 7 kasus suspek SARS, dan tidak ada lagi kasus SARS setelah saat itu. Bagaimana perkembangan SARS di masa datang masih akan jadi kajian para ahli, dan kita harus bersiap untuk menghadapi berbagai kemungkinan di masa datang. (Med J Indones 2004; 14: 59-63)

---

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is an emerging viral infectious disease. According to the World Health Organization, a suspected case of SARS is defined as documented fever (temperature >38°C), lower respiratory tract symptoms, and contact with a person believed to have had SARS or history of travel to an area of documented transmission. A probable case is a suspected case with chest radiographic findings of pneumonia, acute respiratory distress syndrome (ARDS), or an unexplained respiratory illness resulting in death, with autopsy findings of ARDS without identifiable cause. In this article some SARS epidemiological data in Indonesia will also presented. There are 7 SARS suspected cases and 2 probable cases were registered in Indonesia on the period of 1 March to 9 July 2003, and no more cases were reported after that time. How will be SARS progression in the future will be a subject of discussion among scientist, and we will have to wait and be prepared for any development might occur. (Med J Indones 2004; 14: 59-63)"

"COVID-19 merupakan penyakit yang sangat cepat menular, disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada awal tahun 2020 dunia dikejutkan dengan keberadaan virus baru yang berasal dari Tiongkok ini. Virus ini diduga pertama kali menular melalui kelelawar yang dijual di pasar tradisional di Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok. Namun sampai saat ini belum diketahui perantara yang bertanggung jawab atas penularan dari hewan ke manusia. Walaupun belum diketahui perantara penularan dari hewan ke manusia, kini virus tersebut menular dengan cepat dari manusia ke manusia dan membuat lumpuh sebagian besar negara di dunia. Seperti namanya, virus ini menyerang saluran pernafasan terutama paru-paru. Tidak hanya paru-paru, virus ini juga dapat menargetkan organ lain yang memiliki ACE2, seperti ginjal. Di ginjal, banyak ditemukan ACE2 terutama pada bagian tubulus. Tujuan penulisan ini adalah untuk mengulas sejumlah pustaka mengenai virus SARS-CoV-2 dan kaitannya dengan penurunan fungsi ginjal. Sumber pustaka dicari dengan kata kunci COVID-19 SARS-CoV-2, COVID-19 and kidney, COVID-19 and ACE2, ACE2 and kidney, serta SARS-CoV-2 and kidney. Sumber pustaka yang digunakan adalah yang sumber dengan Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris. Beberapa data dari rumah sakit menunjukkan penurunnan fungsi ginjal pada beberapa pasien COVID-19 dan dapat berpengaruh pada kematian pasien. Salah satu hasil penelitian tersebut melampirkan hasil analisis imunohistokimia, menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyebabkan nekrosis pada tubulus. "

"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

---

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit ini dapat menular melalui cairan yang berasal dari hidung atau mulut penderita. Simulasi penambatan molekul dengan PyRx memprediksi senyawa Teofilin dan Dexamethason dapat berinteraksi baik dengan spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2, dengan ΔGbinding yang diperoleh adalah berturut-turut sebesar -6,3; -7,8; -8,1 kcal/mol melalui nteraksi pada residu Ala348, Arg357 dan Val341. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Teofilin dan Dexamethason memiliki potensi untuk dijadikan agen pengenal SARS-CoV 2. Namun simulasi dengan penambatan molekul juga menunjukan bahwa hemagglutinin (HA) H1N1 berpotensi menganggu pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV 2. Hasil studi komputasi ini menjadi acuan untuk pengujian potensi Teofilin dan Dexamethason sebagai agen pengenal SARS-CoV 2 dengan HA H1N1 sebagai uji interferensi. Selanjutnya Studi elektrokimia dengan teknik voltametri siklik menggunakan elektroda boron-doped diamond (BDD) pada Teofilin menunjukkan puncak arus oksidasi pada potensial +0,506 V dan puncak arus reduksi pada potensial -0,5 V. Arus yang dihasilkan linear pada rentang konsentrasi 10 μM sampai 100 μM. Deteksi spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dilakukan dengan melihat penurunan arus oksidasi Teofilin dengan kehadiran spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dan virus kultur SARS- CoV 2 pada waktu optimum 10 menit. Penurunan arus linier pada rentang konsentrasi 1 ng/mL sampai 200 ng/mL. Sedangkan Dexamethason tidak elektroaktif namun pengukuran dengan spektrofotometri UV-Vis menunjukkan puncak absorbansi pada bilangan gelombang 241 nm.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This disease can be transmitted through droplets from the nose or mouth of the patient. Molecular docking simulation with PyRx predicts Theophylline and Dexamethason compounds can interact well with the spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2, with G_bindings obtained are -6.3, respectively; -7.8; -8.1 kcal/mol via interaction with residues Ala348, Arg357 and Val341. So that theophylline and dexamethason have the potential to be used as SARS-CoV 2 identification agents. However, simulations with molecular docking also show that hemagglutinin (HA) H1N1 has the potential to interfere with the measurement of the SARS-CoV 2 spike glycoprotein with bioactive compounds. The results of this computational study serve as a reference for testing potential Theophylline and Dexamethasone as identification agents for SARS-CoV 2 and HA H1N1 as an interference compound. Furthermore, electrochemical studies using cyclic voltammetry techniques using boron-doped diamond (BDD) electrodes on theophylline showed peak oxidation currents at +0.548  V potential and peak reduction currents at -0.5 V potentials. The resulting currents were linear in the concentration range of 10 M to 100 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 was carried out by observing a decrease in the oxidation current of Theophylline in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 and cultured virus SARS-CoV 2 at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Meanwhile, Dexamethasone is not electroactive, but measurements using UV-Vis spectrophotometry show the absorbance peak at a wave number of 241 nm. This absorbance is linear in the concentration range of 10 M to 200 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 with Dexamethasone was carried out by decreasing absorbance in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2. at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Furthermore, the interference test performed with HA-H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 showed that neither the current in theophylline nor the peak absorption of Dexamethasone changed significantly. These results indicate Theophylline and Dexamethasone are selective against the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 and can be applied as identification agents on the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 sensor."

"Penyakit koronavirus 2019 atau COVID-19 merupakan suatu penyakit baru yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. Pada awal tahun 2020, penyakit ini telah menjadi bencana nonalam berupa pandemi di lebih dari 200 negara di dunia. Negara-negara tersebut memiliki pengelolaan bencana yang berbeda-beda tergantung dari kerentanan, dampak bahaya yang ditimbulkan, karakteristik sosial, serta kondisi geografis di negaranya. Di Indonesia tersendiri, hingga tanggal 28 Juli 2020, pemerintah masih berusaha mengendalikan pandemi COVID-19 agar penyebarannya tidak semakin meluas. Sementara itu, sudah ada beberapa negara yang saat ini telah berhasil mengendalikan pandemi COVID-19 dengan sangat baik, beberapa diantaranya adalah Tiongkok dan Vietnam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif yang bersifat deskriptif analitik serta menggunakan metode tinjauan kepustakaan (literature review) dan bertujuan untuk memberikan gambaran pengelolaan bencana nonalam yang dilakukan oleh pemerintah Indonesia serta negara yang telah berhasil mengendalikan pandemi COVID-19. Data dan informasi yang digunakan dalam penelitian ini bersumber dari buku elektronik, situs web pemerintah, basis data, dan mesin pencarian terpercaya dengan memasukkan kata kunci yang sesuai. Implementasi pengelolaan bencana dilihat berdasarkan pedoman pengelolaan pandemi COVID-19 yang diterbitkan oleh WHO serta teori siklus manajemen bencana mulai dari mitigasi, kesiapsiagaan, respons, hingga pemulihan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemerintah Indonesia telah memenuhi 28 dari 30 aspek pengelolaan bencana. Sementara itu, Vietnam telah memenuhi 29 dari 30 aspek dan Tiongkok telah memenuhi seluruh aspek. Meskipun demikian, kedua negara tersebut berhasil melandaikan kurva laju peningkatan kasus, sedangkan Indonesia belum berhasil. Hal ini dapat terjadi karena beberapa faktor mulai dari masyarakat yang tidak patuh, kebijakan yang lemah, pelaksanaan testing yang minim, data yang tidak akurat, hingga pemerintah yang kurang tegas. Pemerintah Indonesia dapat menjadikan negara Tiongkok dan Vietnam yang telah berhasil mengelola dan mengendalikan pandemi COVID-19 sebagai acuan dalam pembuatan kebijakan selanjutnya.

---

Coronavirus Disease 2019 also known as COVID-19 is a new emerging disease transmitted by SARS-CoV-2. In the beginning of 2020, COVID-19 has been a non- natural disaster in the form of pandemic in over 200 countries around the world. Every country has their own ways and capabilities to manage a disaster. It depends on the vulnerabilities, hazards, social characteristics, and geographical conditions. As of July 28th 2020, the government of Indonesia is still striving to slow the widespread of COVID- 19 in the country. On the other side, China and Vietnam have managed to control the spread of the disease very well. This research is using qualitative approach and descriptive analytic with literature review method. This research aims to see the overview of non- natural disaster management that have been implemented by Indonesia and the success story of China and Vietnam in managing the pandemic. Data and information being used in this research are taken from electronic books, governmental database, websites, and qualified search engines by typing corresponding keywords. The result of this research shows that Indonesia has checked 28 out of 30 aspects of COVID-19 disaster management. Meanwhile, Vietnam has checked 29 out of 30 aspects and China has completed all checklists. Nevertheless, both countries have successfully flattened the curve of COVID-19 case number, but not with Indonesia. It could happen because there are several factors, such as disobedient society, weak policies, low testing ratio, inaccurate data, and careless government. As a suggestion, Indonesia should learn applicable lessons from China and Vietnam to take significant steps to slow the spread of the virus."

"ABSTRAKSARS adalah penyakit pernapasan akut yang mewabah pada tahun 2003. Penyebaran penyakit SARS dikonstruksi dengan model SIS dengan intervensi berupa pengunaan masker dan pemberian obat. Pada model ini terdapat dua populasi yaitu populasi individu rentan susceptible dan populasi individu terinfeksi infected . Model penyebaran penyakit SARS dikonstruksi secara deterministik, kemudian diberikan gangguan stokastik pada parameter laju penyebaran penyakit ? dan laju kesembuhan ?0. Metode Euler-Maruyama digunakan untuk mencari solusi numerik dari individu terinfeksi. Dari hasil numerik, didapat laju penyebaran penyakit ? lebih dominan untuk mengakselerasi jumlah individu terinfeksi. dibanding laju kesembuhan ?0. Selain itu, intervensi penggunaan masker dan pengobatan dapat menekan jumlah individu terinfeksi.

---

ABSTRACTSARS is an acute respiratory disease that outbreak in 2003. The spread of SARS disease is constructed by SIS model with intervention using masks and getting medical treatment. In this model there are two populations the Susceptible population S and the Infected population I . The SARS disease distribution model is constructed deterministically, then perturbation is given on the transmission parameter and the recovery 0. The Euler Maruyama method is used to find the numerical solutions of infected individuals. From the numerical results, the transmission rate is more dominant than the recovery rate 0 to accelerate the infected population. Also, the interventions that are using masks and getting medical treatment can suppress the number of infected individuals."