Stroke adalah penyakit peringkat ketiga dengan biaya terbanyak dalam program Jaminan Kesehatan Nasional (JKN). Pelayanan medisnya dilaksanakan sesuai dengan alur klinis (clinical pathway), yang merupakan turunan dari Pedoman Nasional Pelayanan Kedokteran (PNPK). Tarif pelayanan penyakit stroke iskemik dalam skema Indonesia Case-Based Group (INA-CBG) ditetapkan sebelum pemberlakuan PNPK. Akibatnya, penyusunan tarif stroke iskemik belum sepenuhnya mempertimbangkan standar pelayanan nasional. Penelitian ini bertujuan untuk menunjukkan bahwa rumah sakit perlu mengelola biaya perawatan dan kualitas layanan agar tarif INA-CBG dapat mencukupi biaya satuan rawat inap stroke iskemik pada pasien JKN di Rumah Sakit Pusat Otak Nasional (RS PON) Prof. Dr. dr. Mahar Mardjono Jakarta. Desain penelitian yang digunakan adalah noneksperimental dengan data retrospektif Oktober—Desember 2019. Unit analisisnya adalah 96 pasien stroke iskemik yang dirawat di RS PON. Penelitian menunjukkan bahwa rata-rata biaya satuan untuk stroke iskemik di RS PON adalah sebesar Rp11.598.286 ± Rp5.799.088. Uji regresi multipel memperlihatkan bahwa lama hari rawat inap, sistolik dan skor National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) saat admisi ke rumah sakit merupakan determinan signifikan terhadap rata-rata biaya satuan rawat inap stroke iskemik pasien JKN di RS PON. Perbedaan tidak signifikan terlihat antara tarif INA-CBG tahun 2016 regional 1 RS kelas A dan rata-rata biaya satuan rawat inap stroke iskemik pada pasien JKN di RS PON. Namun, temuan ini juga menjelaskan penerapan tarif INA-CBG tahun 2016 regional 1 RS kelas A bagi RS PON mengakibatkan defisit rata-rata sebesar -Rp214.049 ± Rp4.647.223 per kasus. Perbedaan biaya satuan dan tarif INA-CBG ini diperkirakan menyebabkan defisit sebesar -Rp1.262.304.927 bagi RS PON pada tahun 2019. Situasi ini menguntungkan BPJS Kesehatan karena membayarkan klaim lebih rendah daripada biaya satuan. Apabila tarif disesuaikan dengan biaya satuan beban tambahan BPJS Kesehatan adalah sebesar Rp1.262.304.927.