Kanker prostat adalah salah satu kanker yang paling banyak terjadi di dunia dengan tingkat kematian yang cukup tinggi. Pendeteksian dini menggunakan Prostate Specific Antigen (PSA) berperan penting dalam menurunkan tingkat mortalitas dari kanker prostat. Pria dengan hasil PSA pada jangkauan 4 – 10 ng/mL sering kali tidak mendapatkan diagnosis yang konklusif. Oleh karena itu, pengujian rasio fPSA/tPSA diperlukan untuk memberikan dukungan diagnostik lebih lanjut. Melalui perancangan menggunakan metode in silico, penelititan ini merancangan aptamer DNA yang dapat mendeteksi fPSA. Didapatkan dua kandidat rancangan aptamer yang memiliki potensi bionsensor untuk mendeteksi fPSA. fPSA03 merupakan aptamer sepanjang 31 nukleotida dengan skor penambatan -270,82 dan cakupan area target 38%. Hasil dinamika molekuler fPSA03 menunjukkan stabilitas dan afinitas yang baik dengan RMSD 1,76 ± 0,18 Å dan ΔG -59,67 ± 13,93 kkal/mol. Sementara itu, fPSA04 adalah aptamer 31 nukleotida dengan skor penambatan -285,53 dan cakupan area target 28%. fPSA04 menunjukkan afinitas yang lebih baik dengan RMSD 1,88 ± 0,32 Å serta ΔG -69,15 ± 7,78 kkal/mol. Berdasarkan uji selektivitas terhadap tiga bentuk kompleks PSA, fPSA04 memiliki selektivitas yang lebih baik dibandingkan kandidat lain berdasarkan pose dan skor penambatannya.

---

Prostate cancer is one of the most common occurring cancers in the world with high mortality rate. Early detection of this condition using Prostate Specific Antigen (PSA) plays an important role in reducing the mortality rate. Males with PSA level in the range of 4 – 10 ng/mL are often receiving inconclusive diagnosis as this range is known as the grey area. Therefore, measuring the ratio of fPSA/tPSA is needed to give supplemental evidence for further diagnosis. Through implementing in silico methods, this research design DNA aptamer for detecting fPSA. Two prominent candidates are obtained with biosensor implementations potential to detect fPSA. fPSA03 is a 31 nucleotides long aptamer with docking score of -270.82 and encompassed 38% of the intended target region. Molecular dynamics result shows good stability and affinity with RMSD of 1,76 ± 0,18 Å and ΔG -59,67 ± 13,93 kcal/mol. On the other hand, fPSA04 is a 31 nucleotides long aptamer with the docking score of -285,53 and encompassed 28% of the intended target region. fPSA04 shows better affinity with RMSD of 1,88 ± 0,32 Å and ΔG - 69,15 ± 7,78 kcal/mol. Based on the selectivity test against three different complex PSA forms, fPSA04 has demonstrated better selectivity compared to other candidates seen from its poses and docking scores.