Pada dasarnya penyusunan anggaran Balitbang Depdiknas adalah mencapai tujuan sebagaimana kerangka rencana srtategis yang telah ditetapkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sinkronisasi program dalam Iingkup perencanaan, efektifitas pilihan kegiatan dalam mewujudkan visi-misi organisasi, dan menganalisis pelaksanaan anggaran kinerja pada Balitbang Depdiknas pada waktu mulai dilaksanakannya penerapan anggaran berbasis kinerja (tahun anggaran 2005).Untuk mencapai tujuan tersebut digunakan pendekatan penelitian kualitatif, teknik pengumpulan data menggunakan studi kepustakaan, dan teknik analisis data menggunakan metode analisis kuatitatif.Hasil analisis menunjukkan bahwa struktur program yang dilaksanakan oleh Balitbang Depdiknas tahun 2005 perlu disesuaikan dengan visi dan misi-nya. Anggaran berbasis kinerja belum dilaksanakan secara efektif. Hal utama yang merupakan penghalang (barrier) adalah perangkat peraturan yang belum mendukung dan perencana di lingkungan Balitbang belum siap menerapkan penganggaran berbasis kinerja.