Substansi pengaturan dalam RUU tentang Kelautan mencakup berbagai persoalan di bidang kelautan yang sangat kompleks dan terkait dengan berbagai sektor. Selain mengatur hal-hal baru yang membutuhkan pengaturan dalam rangka pembangunan kelautan di Indonesia, RUU ini sangat erat terkait dengan berbagai peraturan perundang-undangan sektoral yang sudah ada. Harmonisasi dengan peraturan perundang-undangan tersebut merupakan hal yang sangat penting dan signifikan guna menghindari tumpang tindih serta mensinergikan penegakan hukum di laut Indonesia dalam satu peraturan yang komprehensif. Sinergi ini juga harus dilakukan terhadap aspek kelembagaan aparat penegak hukum di laut yang saat ini masih belum terintegrasi antar aparat penegak hukum yang mendapat kewenangan dari berbagai peraturan perundangan lainnya.