Pelayaran rakyat sebagai cikal bakal pelayaran nasional memiliki potensi dan keunggulan dibandingkan jenis pelayaran lainnya, akan tetapi pada saat ini keberadaan pelayaran rakyat sedang terpuruk karena kapal pelayaran rakyat yang mengangkut kayu yang merupakan komoditas utama pelayaran rakyat dianggap sebagai pelaku illegal logging. Berlakunya UU Nomor 41 Tahun 1999 menjadi dasar bagi aparat untuk menahan kapal-kapal pelayaran rakyat yang mengangkut kayu tanpa disertai dokumen yang sah. Penelitian ini mempunyai tujuan untuk melihat bagaimana permasalahan yang dihadapi pelayaran rakyat dalam kaitannya dengan penahanan kapal. Melihat harmonisasi ketentuan UU Nomor 41 Tahun 1999 terhadap ketentuan KUHAP, SKB Nomor 3 Tahun 2003 sebagaimana telah diubah dengan SKB Nomor 12 Tahun 2006 dan Konvensi Internasional Mengenai Penahanan Kapal, 1999 serta melihat bagaimana penerapan UU Nomor 41 Tahun 1999 dalam hal penahanan kapal pelayaran rakyat. Penelitian ini adalah penelitian yuridis normatif. Metode penelitian yang dipergunakan adalah metode kajian kepustakaan yang bersifat normatif dan analisa data secara kualitatif. Materi yang dibahas dalam skripsi ini menjelaskan mengenai kekhasan pelayaran rakyat, dasar hukum, tipe kapal yang digunakan, batasan tanggung jawab, kelembagaan dan pelayaran rakyat setelah berlakunya UU Nomor 41 Tahun 1999 serta membahas mengenai penahanan kapal ditinjau melalui peraturan perundang-undangan dan konvensi internasional yang terkait dengan penahanan kapal antara lain KUHAP, SKB Nomor 3 Tahun 2003 sebagaimana telah diubah dengan SKB Nomor 12 Tahun 2006 dan Konvensi Internasional tentang Penahanan Kapal. Adapun kesimpulan dari penelitian ini adalah kapal sebagai benda tetap tidak dapat ditahan atau disita melainkan melalui izin dari Ketua Pengadilan Negeri (KPN) setempat. Akan tetapi pada prakteknya kapal-kapal pelayaran rakyat tersebut ditahan tanpa disertai dengan surat izin dari KPN.