Pengaturan dan perlakuan perpajakan terhadap produk dan jasa Perbankan Syariah merupakan permasalahan yang muncul terutama karena lembaga keuangan syariah yang relatif baru dan berkembang tersebut, meskipun secara fungsional memiliki kesamaan sebagai lembaga intermediasi dan penyedia jasa keuangan, memiliki sejumlah karakteristik unik yang berbeda dibandingkan dengan perbankan konvensional. Perbedaan paling mendasar dalam hal ini adalah pelarangan instrumen bunga dalam kegiatan peminjaman aset keuangan sehingga secara prinsip syariah pemenuhan kebutuhan pembiayaan dan barang modal pihak deficit spending unit dilaksanakan dengan menggunakan cara berjual beli, berbagi hasil, dan sewa menyewa; sehingga instrumen bung a diganti menjadi marJln keuntungan, nisbah bagi hasil dan nilai sewa/upah. Perbedaan mendasar tersebut menimbulkan permasalahan dalam menerapkan perlakuan perpajakan bagi Perbankan Syariah, khususnya dalam situasi dimana peraturap perundang-undangan perpajakan belum secara spesifik mengatur mengenai perlakukan perpajakan untuk transaksi keuangan syariah. Pada transaksi Ijarah misalnya, meskipun telah memenuhi criteria sebagai sewa gun a usaha yang dikecualikan dari pengenaan Pajak Pertambahan Nilai, namun tetap dikenakan Pajak Pertambahan Nilai karena pihak Bank melakukan penyerahan barang modal lang sung kepada Nasabahnya. Permasalahan perlakuan perpajakan pada produk Bank Syariah dalam lingkungan dual banking system dari sejak lama telah dimaklumi sebagai salah satu factor yang mempengaruhi harga produk Perbankan Syariah dan akirnya berpengaruh pada rate of return dari penempatan dana pada Bank Bank Syariah. Oleh karena sistem Perbankan syariah di Indonesia secara formal baru dikembangkan tahun 1992, maka wajar terjadi dalam peraturan perundang-undangan yang berlaku bagi Perbankan Syariah, termasuk ketentuan perpajakan belum secara eksplisit dan khusus mencantumkan aturan bagi transaksi dan produk Perbankan Syariah. Untuk mengatasi permasalahan perpajakan yang belum mengakomodasi kekhususan produk dan jasa Perbankan Syariah, dilakukan penyesuaian alur proses transaksi produk Perbankan Syariah. Meskipun cara ini berdampak pada meningkatnya resiko reputasi akibat keraguan terhadap pemenuhan prinsip syariah.